二者的主要区别有以下几个方面（设立时的特殊要求也在其中）：

一、组织形式不同。合资企业的组织形式为有限责任公司，具有中国法人资格。而合作企业的组织形式则分为两种：符合法人条件依法取得中国法人资格的合作企业（称法人合作企业），采取的是有限责任公司的组织形式；不具备法人条件的合作企业（称非法人合作企业），采取的是无限责任的形式。

二、出资方式不同。合资企业各方可以用货币出资，也可以用非货币的建筑物、厂房、机器设备或其他物料，工业产权、非专利技术、场地使用权等作价出资，各方出资额以货币形式表示，并折算成股权；而合作企业各方的出资，属投资的以货币形式表示，属提供合作条件的，则不以货币的形式表示，且均不必计算成股权。

三、权力机构和经营管理机构不同。合资企业的最高权力机构是董事会；而合作企业中只有法人合作企业才能设立董事会；非法人合作企业则设立联合管理机构，此种权力机构虽有权决定合作企业的一切重大问题，但它不是最高权利机构。合资企业的董事长是企业的法定代表人，合作企业则不一定，因为法律没有明确规定。在经营管理上，合资企业实行董事会领导下的总经理负责制；而合作企业中的法人合作企业经合作各方同意还可以委托第三方进行经营管理；非法人合作企业在联合管理机构下，可设经营管理机构，也可以不设经营管理机构而由联合管理机构直接管理企业。

四、盈亏分担方法不同。合资企业合资各方只能按在企业注册资本中所占的比例来分配收益、承担风险和亏损；而合作企业则依照合同的约定来分配收益、承担风险和亏损。

五、经营期满后企业财产的归属不同。合资企业合营期满，清偿债务后企业的剩余财产一般按合营各方的出资比例分配；而合作企业的合作期满，清偿债务后的财产则按合作合同约定确定其归属，如果约定外国合作者在合作期限内先行回收投资的，则合作期满时，合作企业的全部固定资产归中国合作者所有。

六、投资回收方式不同。合资企业不采取让外国合营者在合营期限内提前回收其投资的方式，其投资的回收靠的是：在合营期限内按出资比例分取的利润和在企业依法解散时划分的财产；而合作企业的外国合作者则可在合作期限内先行回收投资。

七、调整的法律不同。合资企业按《中外合资经营企业法》的规定执行，而合作企业则按《中外合作经营企业法》的规定执行。

八、双方的关系不同。合资公司在双方的关系上，强调共同投资、共同经营管理、共享利润、共担风险和亏损，即“四共”原则。而合作公司在双方的关系上，强调当事人的自由选择，即合作者之间，只要对于投资的条件、产品的分配、收益分配的方式、经营管理方式，双方达成了一致意见，就是达成一种合同约定，法律一般是认可的。