对于补充侦查的案件,检察院仍然认为证据不足,不符合起诉条件的,可以作出不起诉的决定。具有下列情形之一,不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的,属于证据不足,不符合起诉条件:(1)据以定罪的证据存在疑问,无法查证属实的;(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的:(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;(4)根据得出的结论具有其他可能性的。刑事诉讼法中对不起诉的情况进行了明确的规定，一般情况下，如果证据不足或者双方已经达成和解并就相关赔偿问题取得一致意见的情况下，司法机关可以不予起诉。需要注意的是，如果当事人违反了相关法律导致需要追究刑事责任的，那么即使达成和解也需要进行起诉来追究相关责任。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。