法律分析：被取保候审期间保证金被扣除并非法定规定，但可以在取保候审协议中约定。如果被扣除的保证金超过了法定标准或取保候审协议约定的金额，就可以要求退还多余部分。

法律依据：

1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第六十四条规定：被取保候审的人，应当签订取保候审协议，并交纳保证金。保证金数额，由公安机关根据案件性质、案件情况和被取保候审人的经济状况等因素综合考虑后确定，但不得超过当事人家庭年收入的一半。

2.《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十七条规定：保全财产后，当事人应当提供相当于保全财产价值的担保。

3.《中华人民共和国合同法》第九十二条规定：当事人违反合同约定，给对方造成损失的，应当承担赔偿责任。

因此，如果被取保候审期间保证金被扣除，可以先查看取保候审协议中的约定，如果未约定，则可以要求公安机关或法院退还超过金额的部分。如果有约定，则应按照协议约定操作。如果超过了法定标准或合同约定的金额，则可以要求返还多余部分。