土地确权登记工作中不予发证的情况有下列情况之一的不予发证：

1、承包户的承包地被全部征收、征用、占用，导致农村土地承包经营权全部丧失的；

2、承包户的承包地被全部退耕还林并已经发放林权证的；

3、承包期内承包方提出书面申请，自愿放弃全部或部分承包地的；

4、承包期内五保户死亡的；

5、土地权属有争议未解决的；

6、土地违法行为尚未处理或正在处理的；

7、申请的土地权利超过规定期限的；

8、无合法用地等土地登记申请要件的；

9、违反规划改变土地用途的；六是查封登记解除前申请办理登记的；

10、未办理土地使用权登记而设定抵押的；

11、其他依法不予登记的和应收回土地承包经营权的。不予登记发证的，一般应书面告知申请人不予登记发证的理由。土地确权存在问题及解决办法

1、妥善处理机动地、经济地、荒地等问题。凡是已纳入承包地管理的，继续作为承包地管理；未纳入承包地管理的，不进行确权登记，但应按实际面积登记在册。

2、在农村土地承包期间，农户自行或者流转给别人在承包地上建房、挖塘等改变农业土地用途的，仍按原来承包地面积进行确权登记，在实测面积时减去占用面积，并进行备注。

3、承包方土地承包经营权共有人，应以“二轮”土地延包时家庭实际承包人口为基础，家庭个别成员已死亡或户口迁出的（如出嫁女、迁入城镇居住、在校大学生、现役军人等）应在备注栏标注清楚。“二轮”土地延包后，新增家庭成员应依法享有土地承包经营权的，一并作为共有人进行登记，并在备注栏标注。“与户主关系”栏按照国家规范填写，如本人、配偶、子女、父母、祖父母、孙子女、兄弟、姐妹、其他等。

4、农户之间进行承包地互换的，互换后的土地没有纠纷，按现在土地的承包人进行确权登记。对存在纠纷的，先解决纠纷再进行登记。对以转包、出租、入股、抵押等方式流转的土地，按原承包转出农户登记，不给受转者颁发土地承包经营权证，其流转关系继续履行流转合同约定。

5、家庭承包人户主死亡，在这次土地登记中，应尊重承包农户意愿，作为原家庭共有人处理。

6、承包农户家庭成员全部死亡的，其承包土地只登记不确权，暂由原负责赡养人继续耕种、管理、收益。

7、对第二轮土地延包后，个别村民小组进行了土地调整，应按照“保持稳定、尊重历史、正视现实”的原则依法妥善解决。