商标侵权工商机关应该在立案以后的90天内依法做出相关的处罚，《行政处罚程序规定》第五十七条规定：

适用一般程序处理的案件应当自立案之日起90日内作出处理决定；案情复杂，不能在规定期限内作出处理决定的，经工商行政管理机关负责人批准，可以延长30日；案情特别复杂，经延期仍不能作出处理决定的，应当由工商行政管理机关有关会议集体讨论决定是否继续延期。案件处理过程中听证、公告和鉴定等时间不计入前款所指的案件办理期限。

工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，并可处以罚款。当事人对处理决定不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不履行的，工商行政管理部门可以申请人民法院强制执行。

一、商标侵权刑事处罚是怎样的？

现行刑法第一百一十三条到第二百一十五条都规定了侵犯商标权的刑罚，具体如下：

(一)未经注册商标所有人许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

(二)销售明知是假冒注册商标的商品，销售金额数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；销售金额数额巨大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

(三)伪造、擅自制造他人注册商标标识或者销售伪造、擅自制造的注册商标标识，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者是单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

二、商标侵权诉讼的举证责任

在商标侵权案件中，原告首先要明确商标法及其实施条例所规定的侵权注册商标专用权的行为，然后针对各种侵权行为确定侵权行为人，侵权具体形式，侵权商品的数量，侵权行为(或侵权商品)的准确发生地点。应当承担的举证责任有：

(1)被侵权人在先权利证明(包括商标注册证等)；

(2)被请权人产品样本；

(3)侵权产品样本；

(4)购买侵权产品证明(如发票等)

(5)为各种侵权商标或者侵权商标商品及包装进行印制、仓储、运输、邮寄等行为的单据。