三个月不来月经可能会导致以下几种危害：

1.妊娠：三个月不来月经可能是因为怀孕了。如果没有及时发现并处理，可能会错过早期怀孕的重要治疗和保健措施，增加孕期并发症的风险。

2.不孕：长期不来月经可能会影响排卵和受精卵的正常发育，导致不孕或者生育能力下降。

3.内分泌紊乱：三个月不来月经可能是由于内分泌的紊乱所致。这可以是由于体重变化、压力、囊肿等原因引起的。内分泌紊乱可能会导致其他身体功能的紊乱，如性激素分泌的异常，可能引起长期的月经不规律甚至闭经。

4.骨质疏松：长期不来月经可能导致雌激素水平下降，进一步导致骨质流失和骨质疏松症的发生。

5.心理问题：月经的异常周期可能会导致女性的心理压力增加，出现焦虑、抑郁等心理健康问题。

如果长期不来月经或者月经周期异常，建议及时就医检查并寻求专业医生的建议。