2017年1月9日，屠呦呦获得2016年度国家最高科学技术奖。

2018年12月18日，党中央、国务院授予屠呦呦同志改革先锋称号，颁授改革先锋奖章。

2019年5月，入选福布斯中国科技50女性榜单。

屠呦呦研究员是中国中医科学院中药研究所优秀共产党员的杰出代表，历年来曾被评为“全国先进工作者”、“全国三八红旗手标兵”等称号。40多年来，她全身心投入严重危害人类健康的世界性流行疾病疟疾的防治研究，默默耕耘、无私奉献，为人类健康事业作出了巨大贡献。另外屠呦呦是第一位获得诺贝尔科学奖项的中国本土科学家、第一位获得诺贝尔生理医学奖的华人科学家。是中国医学界迄今为止获得的最高奖项，也是中医药成果获得的最高奖项。