玉米的颜色主要是基因决定，玉米籽粒颜色属质量性状，它由果皮、胚乳和胚的颜色共同决定。
1、果皮是由子房壁形成的，无花粉直感现象；
2、胚乳是由两个极核和一个精子受精发育面成，有花粉直感现象；
3、胚是由一个卵子和一个精子受精发育而成，有花粉直感现象；
果皮的颜色受果皮色基因和褐色果皮基因两对基因控制，表现出红色、棕色、花斑色和白色四种表现型。
胚乳由糊粉层和淀粉层组成，颜色由不同的基因控制，一般玉米的糊粉层是无色的，但在特殊的遗传背景下可以形成紫色、红色和棕色等颜色，糊粉层的颜色至少由9对基因控制。