在二百万年前的冰河时代，急冻将水冻结在地球的冰冠和冰川中，导致海平面大幅下降。于是出现淡水和海水的交相侵蚀，致使石灰质地带形成了许多岩溶空洞，蓝洞即是岩洞之一 。

多孔疏松的石灰质穹顶因重力及地震等原因而很巧合地坍塌出一个近乎完美的圆形开口，成为敞开的竖井。当冰雪消融、海平面升高后，海水便倒灌入竖井，形成海中嵌湖的奇特蓝洞现象。

蓝洞为一石灰岩洞、是目前已发现的全世界第四深的水下洞穴，位于伯利兹外海约60英里的大巴哈马浅滩的海底高原边缘的灯塔暗礁。

位于北纬17度18分54秒，西经87度32分6秒处，形成于海平面较低的冰河时代末期，后来因为海水上升，洞顶随之塌陷，遂变成水下石灰石坑洞穴。