1、虫害：造成水稻穗枯死的虫害主要有螟虫（三化螟、二化螟、大螟）、褐稻飞虱、蝼蛄等，其中螟虫以二化螟为主，以幼虫蛀食茎秆造成白穗，拔起白穗可见断口处有明显虫咬痕迹。褐稻飞虱以成、若虫聚集水稻基部刺吸汁液为害，严重时造成植株基部组织破坏、腐烂，同时诱发基腐病、菌核病，常造成田间水稻局部或连片枯死。蝼蛄为害主要集中于田埂边，咬断近地表茎秆，造成整棵枯死。

2、药害：主要是由药剂使用不当造成的。一是用药浓度过大造成局部植株严重灼伤死穗；二是误用除草剂造成植株连片整株枯死。

3、病害：造成水稻穗枯死的主要病害有穗颈瘟、节瘟、恶苗病、细菌性基腐病、小球菌核病、纹枯病等，其中穗颈瘟在水稻抽穗期侵染危害，致使穗颈褐变坏死形成白穗，危害枝梗可造成稻穗局部枯死。