先天异常
先天异常指的是仔猫于出生时即可发现的异常状态，大部分都是由于基因问题所引起，当然也有很多外在因素会引起畸胎，如X光或某些药物。有些先天的异常会使得仔猫于生产时立刻死亡，或于两周内死亡，特别是那些包含中枢神经系统、心脏血管系统、呼吸系统的先天异常，其他的先天异常可能直到小猫能完全自主行动时，才直接发现明显的症状，或发现仔猫成长迟滞时才会被注意到，且通常是在预防注射前的健康检查中被兽医师发现。
解剖上的异常包括：颚裂、头骨缺陷、小肠或大肠发育不全、心脏畸形、过度的肚脐或横膈赫尼亚、肾脏畸形、下泌尿道畸形及肌肉骨骼畸形；一些显微解剖及生物化学上的异常通常无法加以诊断，并可能被归类于其他的原因，或者不明原因的死亡。
畸胎作用
已有许多药物及化学物质被认为会导致畸胎，并有完整的报告显示该物质确实会造成仔猫的先天异常及早夭，因此，于怀孕期间应避免给予任何药物及化学物质，特别是类固醇和灰霉素（治疗霉菌用的口服药）。
营养问题
喂食怀孕母猫不适当的食物，可能会造成其生出虚弱或有疾病的仔猫，近十年来被认为最严重的营养问题就是牛磺酸的缺乏，已知会引起胎儿重吸收、流产、死产及发育不良等问题。引起新生仔猫营养不良的原因包括：母体严重营养不良、胎儿期缺乏适当的母体血液供应及胎盘空间的竞争。
体重不足
出生时体重不足往往会造成较高的仔猫死亡率，新生仔猫的出生体重应该不受性别、胎数及母猫体重所影响。引起出生体重不足的原因尚未明朗，但必定包含很多因素，虽出生体重不足常被归因于早产，但大部分的临床病例则多为足期生产，可能是由于先天异常或营养因素引起。
出生体重不足不仅有较高的死产及早夭的可能性（6周龄内），并且可能引起某些小猫变成慢性发育不良，于幼猫期内死亡，因此仔猫应于出生时称重，并定期测量，直至小猫满6周龄。
生产创伤
生产时或出生后5日内的仔猫死亡，大多与难产、食子癖或母性不良有关。食子癖大多发生于神经质或高度敏感的母猫，但是，母猫将生病的新生仔猫吃掉是相当常见的，不能将所有母猫的食子行为归罪于食子癖，这样的食子行为是为了其他健康的仔猫，避免它们受到可能的疾病感染，并且可以减少无谓的照料及母乳消耗。母猫通常对于生病的新生仔猫不会加以理睬及照料，甚至会将其叼出窝或推出笼外，这种行为很难与母性不良加以区别。
新生儿溶血
一般的家猫不常发生新生儿溶血，某些纯种的新生仔猫较为常见。母猫的初乳中含有丰富的移行抗体，新生仔猫的肠道只在24小时内可以吸收这些移行抗体；其中也包含某些同种抗体，血型为A型的猫咪具有微弱的抗B型同种抗体，而血型为B型的猫咪却拥有强大的抗A型同种抗体，因此，如果血型B型的母猫生出血型A型或AB型的小猫时，母猫的初乳中便含有大量的抗A型同种抗体，一旦新生小猫于24小时内摄食初乳，这些抗A型的同种抗体便被吸收至身体内，并与小猫的红细胞结合而使之溶解，这种溶血的状态可能发生在血管内及血管外，而引起严重贫血、色蛋白尿性肾病、器官衰竭，及弥散性血管内凝血，即使是初产的血型为B型母猫也会引发相同的问题。
血型B型的母猫怀有A型或AB型胎儿时，胎儿并不会与母亲的同种抗体接触，所以新生儿溶血的临床症状多发生于摄食初乳后。小猫出生之后多呈现健康状态，并能正常地吸吮母乳，一旦摄食初乳之后于数小时或数日内便会出现症状，而症状的表现有相当大的差异，但是大部分的小猫在第一天内便会突然死亡而没有任何异状；或者，小猫会于最初3日内开始拒绝吸乳，并逐渐虚弱（临床的发现包括因严重血红素尿所引起的红褐色尿液，也可能发展成黄疸及严重贫血，并持续恶化而于1周龄内死亡。幸运存活下来的小猫有少数会于第一周及第二周之间发生尾巴顶端的坏死），或者小猫仍持续吸吮母乳，并持续成长，除了尾巴顶端的坏死之外，无任何其他明显症状发生，但是从实验室的检验上可发现中度的贫血及阳性的库姆斯直接试验（DirectCoombs’test）。
传染病
传染病在小猫早夭中占极大的比例，特别是断奶后期（5～12周龄）的细菌感染。这段期间的死亡大多数归因于呼吸道或胃肠道及膜腔的原发性感染，小猫在没有任何压力的状况下与细菌接触时，通常会表现出不显性感染，或者症状轻微而能自行痊愈；当环境或小猫本身具有不利因素时，一些疾病的感染会变得较为严重，使得小猫的早夭率提高。当细菌感染已超过小猫免疫系统所能抵御的程度时，便会形成新生儿败血症，影响的因素包括不适当的营养及温度控制、病毒感染、寄生虫及免疫系统的遗传或发育缺陷。通常引起败血症的细菌都是一些普通的常在菌。
多病毒性的传染病会引起新生仔猫的早夭，包括冠状病毒、小病毒、疱疹病毒、卡里西病毒，及逆转绿酶病毒（传染性腹膜炎、猫瘟、猫支气管炎、猫流行性感冒、猫白血病），临床症状依据传染的途径与时间与初乳移行抗体的多寡而定，就算母猫进行过完整的预防注射，新生仔猫也可能因为未即时吸吮初乳而得不到足够的移行抗体保护。
寄生虫感染容易造成小猫早夭圆虫及钩虫感染也可能引起小猫的早夭，过多的肠道寄生虫有害于小猫的生长；一般而言，单纯的外寄生虫感染（跳蚤、壁虱）很难引起小猫的死亡。统计学上的研究发现，母猫第五次生产时的小猫存活率最高，第一次及第五次以后生产，小猫的存活率最低。中等体型母猫的仔猫存活率较大型或小型母猫来得高，而只数为5只时早夭率最低。
原因诊断
在育种的过程中，小猫的损失几乎是无可避免的，正确的诊断及判定，可以减少这方面的损失。临床兽医师应对新生仔猫进行完整的生理检查，最好能再配合一些实验室的检查，并且在开始治疗可能早夭的新生仔猫之前，一并进行细菌的采集和培养。
一旦确定小猫无法存活，最好就将这只小猫送往教学医院进行安乐死及尸体解剖，将可疑的组织或器官采样来进行病原培养，并制成切片，观察组统学上的病变，这一连串的剖检需由经验丰富的临床病理器医师来进行，对于早夭病的诊断能有极大的助益。就如先前曾提及的，小猫的损失是无可避免的，然而，某些引起早夭的特殊原因是事先可以预防或避免的，因此一旦原因确认之后，应针对这些因素加以排除，以期下一胎能有更高的仔猫存活率。