商品房和指标房的区别主要有定义不同，产权年限不同，价格不如同等。首先，商品房是特指经政府有关部门批准，由房地产开发经营公司开发的，建成后用于市场出售出租房屋，包括住宅、商业用房以及其他建筑物，而自建、参建、委托建造的自用住宅或其他建筑物不属于商品房范围。指标房是底于普通房价，且高于建安价的房屋价格，通常是通过买房人排队获取号码，并获得指定房源以低价买房的方式，指标房凭借显著的价格和地段优势，成为一些购房者眼中的馅饼，对购房者具有难以抗拒的诱惑，因而也受到了市场的关注。其次，因为商品房属于商业用地，只能拥有50年的产权，而指标房是拥有70年产权的。最后，商品房的水电暖等费用都采用的是商业价格，相对比较贵一点。