焚书坑儒的主人公是秦始皇，为了加强思想控制，秦始皇接受李斯的建议，发布焚书令，规定除政府外，民间只准留下有关医药、占卜和种植的书，其他书都烧掉。以后再有谈论儒家诗书的都要判处死刑。他有暗中把批评他的一批儒生，在咸阳活埋。这就是历史上的焚书坑儒。
焚书
《史记·秦始皇本纪》:臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏诗、书、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语诗书者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师。
在秦始皇三十四年(公元前213年)，博士齐人淳于越反对当时实行的"郡县制"，要求根据古制，分封子弟。丞相李斯加以驳斥，并主张禁止百姓以古非今，以私学诽谤朝政。秦始皇采纳李斯的建议，下令焚烧《秦记》以外的列国史记，对民间医药卜筮种树之书以及不属于博士馆的私藏《诗》、《书》等也限期交出烧毁;有敢谈论《诗》、《书》的处死，以古非今的灭族;禁止私学，想学法令的人要以官吏为师。此即为"焚书"。
坑儒
《史记·秦始皇本纪》:始皇闻(侯生、卢生)亡，乃大怒曰:"吾前收天下书不中用者尽去之。悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练以求奇药。今闻韩众去不报，徐巿等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为訞言以乱黔首。"於是使御史悉案问诸生，诸生传相告引，乃自除犯禁者四百六十馀人，皆坑之咸阳，使天下知之，以惩后。益发谪徙边。始皇长子扶苏谏曰:"天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。"始皇怒，使扶苏北监蒙恬於上郡。
《史记·儒林列传》:及至秦之季世，焚诗书，坑术士，六艺从此缺焉。
在秦始皇三十五年(公元前212年)，方士卢生、侯生等替秦始皇求仙失败后，私下谈论秦始皇的为人、执政以及求仙等各个方面，之后携带求仙用的巨资出逃。秦始皇知道后大怒，故而迁怒于方士，下令在京城搜查审讯，抓获460人并全部活埋。
焚书坑儒的影响
开启了封建时期"愚民统治""学院争吵"的先河。
秦朝不仅"焚书坑儒"，还下"挟书令"，藏有儒家经典者治罪，因之在秦代无传授和学习儒家经典者。今文经 西汉初年，汉高祖刘邦很不重视儒学。至惠帝时，废除"挟书令"，儒家思想言论这个禁区开始松动。从这时起，到文帝时期，一些尚存的老儒依靠记忆，口头传经。弟子们因找不到书籍，就用当时通行的隶书将老儒背诵的经典本文和解释记录下来，这样的经典就是所谓的"今文经"，释文谓之传。文帝时，开始设置经学博士，由今文经学家充任，以备顾问。武帝时，置五经博士，亦由今文经学家充任，在太学教授弟子。从此，今文经学得到广泛的传播。今文经来自老儒的记忆，因每个老儒的记忆有出入，解说有差异，于是出现了一经有几家说法的情况。代代相传，逐渐形成了一些学术流派。宣帝时，在太学中立学官的，《易》有三家，《书》有三家，《诗》有三家，《礼》有一家，《春秋》有二家，共十二博士。东汉初年，增为十四博士。
古文经是用秦统一以前的篆书抄写的经典。秦在焚书时，人们将这样的经典和其它一些古书埋藏起来。西汉前期，由于拆除老房，相继发现了一些古书。武帝时，下令献书。成帝时，设官负责收集古书，并着手进行整理。西汉末年，刘歆在整理古书时，发现古文经典不仅经文与今文经互异，而且篇章也多出不少。如《礼》多三十九篇，《书》多十六篇。《毛诗》和《左氏春秋》等则为今文经所不载。这些新发现的经典就叫做"古文 经"。刘歆对于古文经很赞赏，建议在太学立学官，但却遭到今文经学博士们的激烈反对。刘歆批评这些博士"专己守残，党同门，妒道真。"可是由于执政大臣也反对，刘歆的建议未被采纳。
平帝时，王莽专权，为了利用古文经进行"改制"，就立《古文尚书》、《毛诗》、《逸礼》、《左氏春秋》四个博士。东汉初，又被取消。古文经虽不得立学官，但在民间却广为流传。古文经中固然有些内容是经过两汉学者窜改或增加者;但总的说来，古文经学家是按字的形、音、义解经，极力恢复经的本义，不作任意发挥。于是形成了系统的训诂方法。古文经学家贾逵、马融、郑玄兼通今文经。郑玄破除各家传统，广采众说，遍注群经，得到经今、古文两派的赞许，号称"郑学"。至此，基本上结束了经今、古文斗争。贾逵的学生许慎为了反对今文经学派根据隶书经典，穿凿附会，曲解经文，用了二十二年的时间，写成《说文解字》一书，收小篆九千三百五十三个，收古文(战国文字)、籀(zhòu宙，西周、春秋文字)文一千一百六十三个为重文;每个字标明字形，注出音读，推究字义，全书分为五百四十部，全部解说不过十三万三千多字，简明扼要。是我国最早的一部编辑完善、内容丰富的字典。
焚书坑儒的实质
先来看看"焚书坑儒"的实质，"焚书坑儒"的实质其实是统一思想的运动。当年秦始皇统一六国之后，在政治结构上，废除了分封制，在全国范围内施行郡县制;在文化上，统一了文字，以小篆为标准的官用文字;在经济领域内，统一货币，统一度量衡。这些措施都是国家大一统的基本要素，是国家强暴力能够控制的要素。但有些东西是国家强力结构很难驾驭的，特别是在秦朝初年，战国时期刚结束，百家仍然在争鸣中，思想领域内极度混乱，而一个国家能在多大程度上统一，最主要的条件是能在多大程度上形成共同的价值观，而思想混乱是形成共同价值观的大敌。
因此，光在政治、经济、文化等方面有大一统措施还不行，最关键最长远的统一要素是思想的统一，形成统一的核心价值观念，才能让政治、经济、文化等领域内的统一措施有效。而当时最大两种思想潮流就是儒家和法家，儒家是尊古的，而秦始皇统一中国偏偏是新事务，他采取的措施也都是些新措施，这些东西都是不符合儒家理念的，而当时六国贵族，也借着儒家的"克己复礼"妄图恢复周朝的分封制，从而取得失去的权势。
所以，对于刚刚统一的秦朝来说，统一思想就是维护大一统的关键措施。因此，秦始皇在找到了几个儒生茬之后，一场统一思想的文化运动就开始了，手段是激烈了点，但客观效果明显的。虽然统一的秦朝只持续了十几年，但秦朝以后的所有统治者，无一不把统一思想看成维护统治的关键手段，到汉武帝罢黜百家，独尊儒术，中国大一统思想正式形成。此后所有的统治者，基本上都把儒家思想作为国家的核心思想。这里需要特别说明一下，秦朝"坑儒"，和汉朝的"尊儒"，其实质是一样的，都是要统一思想。
实际上从汉朝以来，所有的封建统治者，基本上都是施行的"阳儒阴法"，或者是"实法名儒"，就是表面上是采用儒家观点，实际上却是法家的手段。皇帝用法家的方法统治天下，而用儒家的学说教化百姓。法家强调的是法、术、势，古人把这些东西当成是帝王术，作为驾驭百姓群臣的方法;而儒家学说主要是强调仁和礼，仁和礼最大的益处就是从道德上形成行为自觉，而不用采取暴力措施，是维护等级制度的好工具，所以历代统治者都用儒学教化天下。