1、含义不同：同等学力申硕是在职研究生的一种报考类型；而在职研究生则是一种高等教育形式，部分时间在职工作，部分时间在校学习，包括同等学力申硕、专业硕士、中外合办、高级研修四种报考类型。

2、报考条件不同：同等学力申硕要求本科学历有学位证书，毕业满3年；而在职研究生则根据不同类型的报考方式，条件各不相同，但主要以本科学历为主。

3、录取方式不同：同等学力申硕满足报名条件者，报名材料通过院校审核，就可免试入学参加课程学习；而在职研究生中的专业硕士类型需要参加全国统一的研究生入学考试，通过后方可入学。

4、学习方式不同：同等学力申硕注册后八年有效期内完成必修环节，授课以周末面授为主，疫情期间采取网络直播授课；而在职研究生学制三年内完成完成，集中或周末面授。

5、颁发证书不同：同等学力申硕符合毕业条件授予硕士学位证书（单证）；而在职研究生符合毕业条件授予硕士学历和硕士学位证书（双证）。