蒙商银行由存款保险基金管理公司会同建设银行、徽商银行、内蒙古自治区财政厅、包头市财政局，以及部分有实力的国有企业联合发起设立。该银行定位于城市商业银行，经营范围限定于内蒙古自治区内，主要服务内蒙古地区经济社会发展。
蒙商银行是新设立且独立于包商银行的法人主体。经营宗旨为扎根内蒙，依法稳健经营，建成资本充足、内控严密、运营安全、服务和效益良好的区域性商业银行。
2020年4月29日，中国银行保险监督管理委员会内蒙古监管局批准了蒙商银行的开业申请。
2020年4月30日，蒙商银行完成工商登记，依法设立。