在入侵雨隐村篇中，自来也和佩恩六道决战，他使出浑身解数，及召来两位蛤蟆仙人（深作及其妻志摩）相助，可是佩恩“六道”人数众多，加上自来也太过大意导致左手被斩断，在千均一发之际躲入蛤蟆胃里，并成功以螺旋丸击败畜生道。此时他其实有能力逃离战场以保性命，但他为查出佩恩六道的真正身份，不惜再次现身于六道面前，而这次亦真的赔上了性命。临终前他回忆起跟波风水门及漩涡玖辛奈的对话，及从自己著作－坚毅忍传（ド根性忍伝）中主角名字为他们的儿子取名字为鸣人；又回忆起自己一生失败之事，并领悟出鸣人才是预言中的“命运之子”，因鸣人也正有那种绝不轻易放弃的毅力。他要求深作把最后的遗言（佩恩没有真身）带回木叶隐村，佩恩“六道”向自来也扑去，自来也被击沉于水中，而仙人深作则成功逃回木叶。直到大结局也没有被复活。