项目副总工程师和项目书记的区别是职责不同。项目副总工程师主要负责项目的技术研发、设计、实施、监督等工作，需要具备专业的技术背景和丰富的项目经验；而项目书记则主要负责协调、组织、管理和监督项目的日常事务，需要具备较强的组织管理和沟通协调能力。