摩托车被扣三分需要去当地车管所进行处理。根据《机动车驾驶证申领和使用规定》第七十一条：
1、《机动车驾驶证》扣3分直接去当地的车管所进行处理即可。
2、大中型客货车《机动车驾驶证》扣3分需要接受审验且审验时需要参加不少于三小时的学习和警示教育。