目前发酵床的类型有分层发酵床和均匀垫料发酵床。分层发酵床一般下层为透气性好的、廉价原料作为支撑，上层为发酵层。发酵层才是处理粪尿的区域，一般35～50厘米。其制作过程一般是把下层铺上整株的玉米秸秆、木椴等作为支撑层，然后将上层分层洒上菌种，调整好湿度，放置酵熟一段时间即可；均匀垫料发酵床，在山东应用较多，是将各种垫料原料与菌种搅拌均匀，调整好湿度，堆积成丘状进行酵熟（7～15天），发酵成熟后摊平，上面覆盖10厘米未经发酵的软质垫料原料（如锯末）静置24小时后即可进猪，一般要求均匀制作的发酵床厚度不得低于50厘米。