《女医明医传》结局是祁钰在除夕夜病逝，允贤逃脱了殉葬的命运，却意外地失去了腹中的孩子，之后便离开了皇宫，远走天涯，十年之后朱祁镇找到了允贤。

允贤还是没能保住她与祁钰唯一的孩子，不幸小产。此时的朱祁镇在孙太后与百官的哄骗支持之下，无奈即位，危难之中重新担起了大明的重任。为了皇后为了太子，更为了江山社稷与天下百姓，朱祁镇必须放弃私心，重新回归那座高位。

此时的允贤也终于走出皇宫的高墙，在江湖之中找到了真正属于自己的位置，将她济世济民、行医救人的理想付诸了行动。这样的快乐让她终于得以忘记了失去爱人孩子的痛苦，实现了自我的价值。

这一次，朱祁镇等来了与爱人相伴，携手一生的机会。当他推开允贤医馆的大门，二人四目相对的一刻，不需要任何言语，暖暖的温情已然流淌在他们的心间。历尽世间沧桑的这对爱人，终于迎来了他们幸福的未来。