种子萌发时胚根最先突破种皮。种子的主要结构是胚，胚由胚芽、胚轴、胚根、子叶四部分构成，胚根最先突破种皮，发育成植物的根。胚芽发育成茎和叶，胚轴伸长，发育成连接根和茎的部分。

种子是种子植物的胚珠经受精后长成的结构，一般有种皮、胚和胚乳等组成。胚是种子中最主要的部分，萌发后长成新的个体。胚乳含有营养物质。种子是裸子植物、被子植物特有的繁殖体，由胚珠经过传粉受精形成。

种子的大小、形状、颜色因种类不同而异。椰子的种子很大，油菜、芝麻的种子较小，而烟草、马齿苋、兰科植物的种子则更小。蚕豆、菜豆为肾脏形，豌豆、龙眼为圆球状；花生为椭圆形；瓜类的种子多为扁圆形。颜色以褐色和黑色较多，但也有其他颜色。例如豆类种子就有黑、红、绿、黄、白等色。种子表面有的光滑发亮、也有的暗淡或粗糙。