菁英班意思是把学习好的和能力强的人聚在一起，貌似组成两个班，大家一起去吃个饭，参加一些活动。“资源环境科学菁英班”是南京农业大学与中国科学院南京土壤研究所联合培养创新人才的新模式。“资源环境科学菁英班”学生的招生、培养、毕业在南京农业大学完成。

在本科阶段，根据南京农业大学教学安排，中国科学院南京土壤研究所选派优秀科研人员通过开设学术前沿讲座、暑期短期讲座，开办“暑期学校”的形式参与学生培养工作；选派优秀研究生代表与本科生定期开展学术交流讨论，培养本科生的学习兴趣和科研志向；设立创新训练课题并在南京农业大学设立“菁英计划”奖学金，用于鼓励学业成绩优异的“资源环境科学菁英班”学生。“资源环境科学菁英班”学生的本科毕业条件及学士学位授予资格按南京农业大学的相应规定进行审核，同时可获得由南京农业大学和中国科学院南京土壤研究所联合颁发的学习证明。