教育部直属高校一般指中华人民共和国教育部直属高等学校。中华人民共和国教育部直属高等学校指由中华人民共和国教育部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。中华人民共和国教育部直接管理一批高等院校，目的是在探索改革上先走一步，在提高教学、科研和社会服务等方面发挥示范作用。经过全国高校管理体制的调整，一批实力较强、学科特色鲜明的高校均划归教育部直属管理，建国以来国家历次所确定的全国重点大学多为教育部直属高校。

教育部直属的好处是教育部直属的高校级别要高。而且部分教育部直属高校的校长是副部级。一般的高校校长是副厅级。再者是师资力量，办学能力等实力上的区别。一般情况下，部级单位直属学校实力较强大。