补充侦查在程序上有两种情况：审查起诉阶段的补充侦查：该阶段补充侦查的方式有两种。即人民检察院审查起诉的案件;对于退回公安机关补充侦查的案件;补充侦查的次数不得超过两次;经过补充侦查的案件，法庭审理阶段的补充侦查。
【法律依据】
《刑事诉讼法》第一百七十一条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。