银行扣押房产证不合法，说明如下：

如果是在办理房产抵押贷款是扣押房产证是不合法的。因为房产抵押贷款是不扣押房产证的。房产证抵押贷款，抵押到银行的只是一个他项权利证。就是在房管局做公证房子已经被抵押，不能再进行交易。

相关说明：

房产证是购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。即《房屋所有权证》，是国家依法保护房屋所有权的合法凭证。房屋所有者凭证管理和使用自己的房屋。房产证包括房屋所有权证和房屋共有权证，在通常意义上，房产证是房屋所有权证的简称，是由不动产登记机关发放的证明房屋所有权归属的书面凭证。

按照我国现行的房屋所有权登记制度，房屋登记是城镇房屋权利归属的法定公示方法。