阳湖属亚热带湿润季风型气候。冬春常受西伯利亚冷气流影响，多寒潮，盛行偏北风，气温低；夏季冷暖气流交错，潮湿多雨，为“梅雨季节”；秋季为太平洋副热带高压控制，晴热干旱，盛行偏南风，偶有台风侵袭。

秋季，保护区有鄱阳湖候鸟300多种，其中水鸟115种，珍禽50多种，约占全国225种水鸟的51%。这里的白鹤群，2002年越冬种群总数达4000只以上，占全世界白鹤总数的百分之九十五以上。鄱阳湖是白鹤等珍稀水禽及珍稀森林鸟类的重要栖息地和越冬地。 白鹤是中国一级保护动物，野外总数大约为4000只。其中98%在鄱阳湖越冬。白枕鹤为中国二级保护动物，野外大约有5000只左右，其中60%在鄱阳湖越冬。