原因如下：

1、因为延续了明末党争的特点，即内部内讧不断，比如明末的阉党余孽与东林党复社等派系的互相斗争。内部的争权夺利，比如马士英与左良玉等人的矛盾；

2、因为明军军事实力不如新兴的清朝八旗兵以及以吴三桂为首的关外辽军部队；

3、因为没有明确的战略意图，唐王鲁王桂王等实力分散，号令不统一，对清军的吞并中原的形式认识不够；

4、因为群众基础不够，明朝末年老百姓厌倦明朝，农民起义造成了很大灾害；

5、因为剃发令引起一些抵抗，各个小朝廷的政令混乱，缺乏成为抵抗枢纽的实力；

6、因为内部人心不一，皇帝昏庸，官员腐败；

7、因为清朝的强悍，多尔衮等人的精心谋划，强大的军事实力以及众多汉奸的帮助，最后南明失败。