永乐十九年，明成祖迁都北京，将应天府改为南京。 1645年，南京降为江宁。清初时为江南省省府，以后直到清末一直是两江总督驻地。1853年到1864年，太平天国也定都于此，号天京。 1927年中华民国奠都南京，同年置南京特别市。1929年6月1日置首都特别市。1930年更改为院辖市。1931年，根据民国二十年六月一日公布的《中华民国训政时期约法》第五条，中华民国国都定于南京。1937年12月，中华民国首都南京沦陷，国民政府西迁重庆；1946年，中华民国国民政府还都南京。1949年4月21日，中国共产党军队攻陷南京，国民政府南迁广州，旋迁台北。不过，根据中华民国的相关法律，南京市至今仍为中华民国之首都。 1949年10月1日中华人民共和国成立，南京成为中央直辖市，1950年1月改由新成立的华东军政委员会领导，仍为中央直辖市，同时政务院设有驻宁办事处。