明朝三个皇帝以南京为都。明朝建国初期，洪武建文两朝都是以南京为都。到了明朝后期，崇祯帝死后，南明也以南京为都，历时一帝。最终明朝以南京为都共三个皇帝。

明朝是一个由汉族建立的大一统王朝，共传十六帝，享国二百七十六年。在元末民不聊生，爆发红巾起义，朱元璋加入郭子兴队伍。1364年朱元璋称吴王，建立西吴。1368年朱元璋称帝，国号为大明，因皇室姓朱，又称朱明，定都于应天府；1420年朱棣迁都至顺天府，以应天府为陪都。

明初历经洪武之治、永乐盛世、仁宣之治等治世，政治清明、国力强盛。中期经土木之变由盛转衰，后经弘治中兴、嘉靖中兴、万历中兴国势复振，晚明因东林党争和天灾外患导致国力衰退，爆发农民起义。1644年李自成攻入北京，崇祯帝自缢殉国，明朝覆灭。明朝宗室在江南建立南明，随后清朝击败大顺、大西、南明弘光、隆武、绍武等诸政权。1662年永历帝被杀，南明覆灭。

南京

南京历史悠久。

50万年前，今东郊汤山葫芦洞一带已有被后世称为“南京人”的原始先民活动。

6000多年前，在鼓楼岗北阴阳营、江宁区陶吴昝缪等地，原始先民已广泛使用石制器具。

3000多年前，沿江河一带密集分布着被后世称为“湖熟文化”的青铜器时代的居民聚落。

公元前571年，楚国在六合区境设棠邑，置棠邑大夫，是南京有历史记载的最早地方建置。

公元前541年，吴国在高淳区境建濑渚邑，因城池坚固，又名“固城”。

公元前495年前后，吴国在朝天宫一带开办冶铸铜器的手工作坊，称“冶城”。

公元前473年，越灭吴，翌年筑城于秦淮河口，后世称“越城”，是为南京主城区建城之始。

公元前333年，楚威王大败越国，占其地建金陵邑，筑城于石头山(今市内清凉山)，为南京主城区政区治所建置之始，南京自此得名“金陵”。

公元前210年，秦始皇东巡，改金陵邑为秣陵县。

212年，孙权在楚国金陵邑故址石头山筑城，作为驻军和屯粮之所，称石头城;改秣陵为建业，寓意“建立帝王大业”。

孙权在武昌(今湖北鄂州)称帝后于229年10月迁都建业，是为南京建都之始。

1368年，朱元璋在此(时称应天府)称帝建立大明王朝，实行南北两京制，于应天府置南京，是为南京地名之始。

清代改应天府为江宁府。

1911年12月29日，辛亥革命推翻清王朝君主统治，起义的17省代表齐聚南京选举孙中山为临时大总统，国号中华民国。

1912年1月1日，中华民国临时政府在南京成立，孙中山就任临时大总统。3日，废江宁县、上元县，置南京府。