两个皇帝。明末皇帝是明思宗朱由俭，清初皇帝是爱新觉罗·皇太极。

中国皇帝加起来一共408位。秦朝2位，汉朝31位，三国11位，晋朝16位，五代十六国78位，南北朝59位，隋朝3位，唐朝22位，五代十国55位，宋朝18位，金辽西夏35位，元朝18位，明朝16位，清朝12位。

明思宗朱由俭

朱由检（1611年2月6日－1644年4月25日），男，汉族，字德约，明朝第十六位皇帝（1627年10月2日-1644年4月25日在位），也是明朝作为全国统一政权的最后一位皇帝，明光宗朱常洛第五子，明熹宗朱由校异母弟，母为孝纯皇后刘氏。

万历三十九年（1611年），生于慈庆宫，天启二年（1622年），被封为信王。天启七年（1627年）即皇帝位，年号崇祯。即位之初，大力铲除阉党，勤于政事，厉行节俭，平反冤狱。在位期间，朝廷党争不休，民间灾害不断，导致明末农民起义爆发，关外后金政权趁势崛起，国家处于内忧外患的境地。

崇祯十七年（1644年），李自成攻破北京时，朱由检自缢于煤山，终年三十四岁。清军入关后，以礼改葬于明十三陵中的思陵，庙号怀宗（后取消），谥号钦天守道敏毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝。南明弘光帝追上谥号绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝，庙号思宗，后改为毅宗。隆武帝改庙号为威宗。

爱新觉罗·皇太极

清太宗爱新觉罗·皇太极（1592年11月28日—1643年9月21日），又译黄台吉、洪太主，生于赫图阿拉（今辽宁抚顺新宾县西老城）。清太祖努尔哈赤第八子，母孝慈高皇后叶赫纳拉氏。

天命元年（1616年）被封为和硕贝勒，在四大贝勒中按年龄排行第四。 天命十一年（1626年），努尔哈赤去世后，继承汗位，年号天聪。即位之后，励精图治，进行大刀阔斧的封建化改革，加强中央集权。征服朝鲜和漠南蒙古，解除后顾之忧。采纳汉族降官建议，确立"讲和明朝与自固之策"，重用汉将，削弱明朝实力，志在入关。实行满汉一体，保护汉人，减轻农民负担，发展生产，增强兵力。崇德元年（1636年），汉、满、蒙三族共呈劝进表，皇太极正式称帝，改国号“大清”，次年迫使朝鲜臣服。崇德七年（1642年），不断对明朝作战，赢得松锦大战，生俘洪承畴，宁锦防线彻底崩溃，为清朝迅速扩展、入主中原，打下坚实的基础，入主中原成为必然之势。在降服松山、锦州后，清军占领了除宁远外的明朝关外全部城镇。崇德七年（1642年），再次遣军入关，连破远至山东的八十余城。

崇德八年（1643年），皇太极去世，时年五十二岁，在位17年，庙号太宗，卒谥应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝文皇帝，后累加谥为应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝敬敏昭定隆道显功文皇帝，葬于沈阳昭陵，第九子福临即位。