说起天京事变以及杨秀清被杀，首先得从太平天国的领导层的权力格局和彼此之间的微妙关系谈起。
在太平天国内部，有六人是上帝会的核心人物，分别是洪秀全、萧朝贵、冯云山、杨秀清、韦昌辉、石达开。
洪秀全是拜上帝教教主，早在起义之初时，洪秀全就已经当仁不让地被拥戴为“真主”。太平天国建立后，他又顺理成章地以天王身份成为太平天国的一号人物。
冯云山作为洪秀全的最早信徒之一，深得洪秀全信任。他一手创建了上帝会，打开了在广西传教的局面，可以说是居功至伟。
杨秀清和萧朝贵原本都是山里面烧炭的平民，但因一件事使他们成了太平天国的核心人物。1848年，上帝会的一些信徒大搞神灵附体，致使上帝会一时之间处于失控状态。
关键时刻，杨秀清、萧朝贵二人联手，以天父、天兄的名义下凡，对这些信徒说洪秀全是天父上帝的次子、天兄基督的胞弟，并积极拥戴洪秀全为真命天子，与洪秀全达成了某种默契，从而确立了各代天父、天兄传言的特殊身份。
韦昌辉作为上帝会的核心成员之一，在筹划起义阶段，不惜毁家纾难，以打造农具之名暗中打造兵器，然后沉入村中的犀牛潭潜藏起来，为后来的起义立下了汗马功劳。
石达开原本是贵县人，家境殷实，后在洪秀全的提拔下，成为上帝会在贵县的首领，后来召集了一支约四千人的队伍响应金田起义。与韦昌辉一样，也为天国的发展立下了极大的功劳。
按照上帝教的解释，基督是上帝的长子，洪秀全是次子，冯云山是第三子，杨秀清是第四子，韦昌辉是第五子，萧朝贵是上帝的女婿，石达开是第七子。因此，表面上看来洪秀全与其他五人虽然是君臣关系，但在私下彼此都以兄弟相称。
在这六人当中，无论从资历还是兄弟次序上讲，冯云山毋庸置疑地排在第二位。但是，当杨秀清、萧朝贵代天父、天兄下凡传言的身份被确认后，上帝会原先的权力格局便被打破了。杨、萧二人因为特殊的身份，很快便后来居上，一跃超越了冯云山，这也为后来的内乱埋下了伏笔。
在太平天国建立之初，洪秀全分封五军主将时，这种权力格局就已经发生了变化，杨秀清为中军主将、萧朝贵为前军主将、冯云山为后军主将、韦昌辉为右军主将、石达开为左军主将。我们可以看出，杨秀清、萧朝贵的地位已经排在了冯云山之前。
永安建制时期，洪秀全又封杨秀清为东王、萧朝贵为西王，冯云山为南王、韦昌辉为北王、石达开为翼王，明确宣布“以上所封各王，均受东王节制。”由此确定了太平天国内部的权力体系。
随着杨秀清、萧朝贵的不断崛起，冯云山的地位直接受到了威胁，同时也间接削弱了洪秀全的权力。明面上，洪秀全是太平天国的一把手，但当杨秀清、萧朝贵二人假借天父、天兄下凡给他训话时，作为天父次子、天兄胞弟的洪秀全不得不俯首听命。
这种奇特的权力格局，为日后权力的纷争埋下了隐患。
不过此时的太平天国发展正处于蒸蒸日上的阶段，而且权力的平衡维持的非常巧妙，洪秀全、杨秀清、萧朝贵之间彼此制衡，再加上冯云山从中协调，他们之间尚能够同仇敌忾，齐心协力应对清军的围剿。
但这种平衡很快便会被打破，从而使得天国内部遭受了灭顶之灾。
1852年6月，先是冯云山在广西全州遇袭身亡。9月，萧朝贵又在攻打长沙时遇难。六王一下子折损了两个重要人物，这样一来，以往相互制衡的局面便不复存在，从而演变成了洪秀全与杨秀清的正面碰撞。
在定都天京后，洪秀全沉溺于声色犬马之中，早已没了往日的雄心壮志，整日待在深宫，足不出户，将军国大事全部交给了杨秀清处理，自己则躲在幕后逍遥快活。
这种现象，引起了人们的种种猜测。人们认为作为天王的洪秀全早已死去，如今居住在天朝宫殿的不过是个木偶；不过后来的说法渐趋统一，大多数人认为杨秀清独揽大权，洪秀全不过是一尊傀儡罢了。
换而言之，即杨秀清位高权重，大有取洪秀全而代之的架势。
事实上，这种传言并非空穴来凤，而是有迹可循的。
自定都后，拥有天父下凡这块金字招牌的杨秀清私欲急剧膨胀，大搞特殊，随意以天父下凡的名义发号施令。以其出行为例，仪仗队多达千余人，排场极其大；在冷不丁宣布天父附体时，身为天王的洪秀全也是敢怒不敢言，只好当众对杨秀清下跪，并且不得不惟命是从。
在《天父下凡诏书》一书中，曾详细记载了杨秀清以天父的名义指斥洪秀全犯有过错，欲借这些事杖责洪秀全40大板的经过。在整个过程中，原本拥有至高无上权力的洪秀全颜面扫地，毫无领导威严。从中可以看出，杨秀清取洪秀全而代之，也并不是没有可能的。
一旦洪秀全违背了杨秀清的想法，后者便随时可以借天父的名义逼迫杨秀清就范，甚至可以当众对洪秀全施以惩戒。
当然，对于洪秀全，杨秀清在行起事来多少还有点顾忌，毕竟是天国的领袖，但对于底下的文武百官，杨秀清绝对是百无禁忌，八面威风，动辄打骂，滥施淫威。
以韦昌辉和石达开为例，他们作为朝中的三、四把手，且与杨秀清同为上帝之子，按理说差不多平起平坐，但两人见了杨秀清，却都要毕恭毕敬行大礼参拜。
尤其是韦昌辉，杨秀清因为看他不顺眼，常遭挫辱。1856年4月11日，杨秀清以天父名义，下令杖责韦昌辉40大板，理由是天父下凡时不应该响金锣、鼓乐、圣炮，但韦昌辉没有出令传给众官，致使人们不知道天父下凡。
顶天侯秦日纲的地位仅次于石达开，封为燕王，因与湘军交战中失利获罪，被杨秀清处以罚为奴三年的惩罚；陈承瑢是陈玉成的叔父，时任佐天侯。卫国侯黄玉昆是石达开的岳父，主管刑部事务。
1854年4月，燕王府牧马人在门前坐着，见到东王杨秀清的远房叔叔没有行礼。这件事被东王得知后，下令其叔叔将此人鞭打二百后，交给黄玉昆继续打，被黄玉昆拒绝后，东王大怒，命令石达开拘捕黄玉昆，黄玉昆被迫辞职。随后，陈承瑢和秦日纲也相继辞职，以表达对东王的不满。
然而，此举不仅没有令事态缓和，更加激起了东王的怒火，将三人锁拿后交由北王韦昌辉处置，吩咐将秦日纲杖责一百，陈承瑢二百，黄玉昆三百，并将牧马人五马分尸。黄玉昆被气得投水自尽，后被救了起来。
除此之外，天官正丞相曾水源、东王府吏部尚书李寿春更是遭受了不白之冤，他们被人告密说在东王病重期间表现得无动于衷，毫无悲伤之情，结果被杨秀清以“期天欺东王”的罪名，斩首示众。
以上都是杨秀清借天父名义处罚的太平天国开国元勋，利令智昏的杨秀清只要看谁不顺眼，就随意以天父下凡的名义胡乱作为，搞得朝堂乌烟瘴气，人人自危。
当时，太平天国正呈现强劲的发展势头，打的清军节节败退，大有推翻清王朝的架势。然而，就在这种大好形势下，杨秀清的一系列操作却导致众叛亲离，天怒人怨。于是，一股诛杨暗潮悄然涌动，南京城到处弥漫着诡谲和杀气。
此时的杨秀清并未察觉到危险即将来临，而是借机逼迫洪秀全将其封为万岁。
正是这件事，使得洪秀全对杨秀清动了杀机。
1856年8月，杨秀清将韦昌辉、石达开、秦日纲调离京城。随后，他以天父的名义将洪秀全召到天王府，让其加封他为万岁。
面对杨秀清的步步紧逼，洪秀全当然不甘心束手就擒。于是，他一边答应杨秀清的要求，另一边已经设计如何除去杨秀清了。随后，杨秀清的一手骚操作，更是将自己逼上了绝路。
8月15日，杨秀清宣布“秦日纲、陈承瑢帮妖”，给两人扣上了通敌的罪名。此时的杨秀清，除了自己的心腹外，朝中的很多人都站在了他的对立面，眼看时机成熟，于是在洪秀全等人的统筹下，一场诛杀杨秀清的行动就此展开。
负责此次事件的是北王韦昌辉。
八月底，韦昌辉率领三千亲兵从江西赶往南京。9月1日夜到达南京，又陈承瑢接应入城，随即包围了东王府。与此同时，秦日纲也从前线赶来策应。
9月2日凌晨，韦昌辉率部突袭东王府。睡梦中的杨秀清还没来得及反抗，便被杀死，包括54个王娘在内的妻小同时被杀。天明时分，杨秀清的首级被悬挂示众。同时，韦昌辉在全城展开大搜捕，宣布凡东王所属，无论官兵男女都必须前来自首，有藏匿者将会被连坐。除此之外，京外的一些东王亲信将领也悉数被诛。
期间，洪秀全曾试图阻止韦昌辉这种牵连无辜的做法，但韦昌辉却认为洪秀全起初借他的手杀人，如今又反过来收买杨秀清余党的人心，自己却反倒落了个里外不是人的下场，于是一不做二不休，将所有和杨秀清有关的人悉数处死，无论男女老幼。
这场惨绝人寰的大屠杀持续了好多天，后据清军探报说：“城里的秦淮河满是尸首，河水几乎为之断流，前后共有两万多人被杀。
石达开得知此事后，率亲信急忙从安庆赶回，劝说韦昌辉不要滥杀无辜，结果反被诬陷为东王一党。石达开为防不测，立刻出城而走。此时，已经杀红了眼的韦昌辉又将石达开满门抄斩，同时率部围攻天王府，逼迫洪秀全悬赏诛杀石达开。
此时的韦昌辉的所作所为，已经到了天怒人怨的地步，洪秀全随即下令讨伐韦昌辉。
11月2日，韦昌辉伏诛，其妻小也悉数被杀。随后，洪秀全派人将韦昌辉首级送到石达开跟前，同时召他回京。石达开回京后，被推举为“义王“。
但是，这场动荡并没有结束。
次年，石达开就因洪秀全对自己猜忌重重，率领十来万精锐离京出走。
至此，天京事变才落下了帷幕。因为杨秀清的嚣张跋扈，使得太平天国顷刻间分崩离析，首义诸王仅剩下了洪秀全一人，使得太平天国元气大伤，人心离散，成为由盛变衰的一个转折点。
