随着国共和谈的破裂，马歇尔返回美国，国共内战正式开启，而美国在如何对待中国的态度上则显得“犹豫不决”，既不愿陷入中国内部事务中无法自拔，也害怕在中国以外引发更多的混乱从而损害美国利益，司徒雷登对此并不认同，他希望美国政府应更“积极”地介入中国问题，而不应“被恐惧所左右”。

司徒雷登及其其他外交人员与蒋介石

国民政府如此依赖美国的援助，以至于每一次关于美国援助的新闻甚至谣传都能引发社会的强烈关注和媒体讨论，但期待中的美国援助并没有源源不绝地到达，而战场形势却与蒋介石发动内战之初的设想大相径庭，并由最初的缓慢挫败逐渐加速为迅速溃败，战争失败又加剧了原本就十分脆弱的政治经济形势。

形势发展如此之快，以至于司徒雷登的使命很快便由为蒋介石提供战略咨询意见，转变成为在华美国侨民提供撤离协助，这对两年前还是一个普通美国侨民，并在战争中被拘禁长达四年的美国大使来说是十分讽刺的。

司徒雷登在国民党军队战败前所做的最后一次外交行动是“中国式”的，这得益于他长期生活在中国所获的经验所赐，蒋介石像一个即将溺水而亡的落水者那样疯狂求助于美国，坚决要求派高级外交官访问美国，而司徒雷登深知此时访问已经没有任何意义，但他还是先后安排了张群和宋美龄访问美国，正如他所预料的那样，他们的访问一无所获，除了精心包装的外交辞令之外。

在内战大局已定，解放军即将渡过长江进入首都南京前，司徒雷登做出了一个相当重大的决定，他与其他一些国家的大使们非正式商议决定不跟随国民政府搬迁前往广州，而是留在南京，并得到了各国政府的支持，但值得指出的是，司徒雷登及其外交使团的行动，并不说明美国政府的外交政策，因为此时国务院已经指定迁往广州的使馆人员路易斯.克拉克作为临时代办代表美国大使馆进行工作，司徒雷登留在南京所提出的理由是待领事馆和侨民得到公正待遇后再返回美国，而几天后的4月24日，由于解放军迅速进入南京，司徒雷登以及其他使团人员已经失去了离开南京的机会，因此，与其说司徒雷登留在南京是美国政府企图寻求与中国新政府的潜在外交机会，不如说是司徒雷登作为一个“个人”的创意而来的“冒险”。

司徒雷登这段时间对自己的历史角色做出了更清醒的认识：“我们只是坐在前排的观众，只能观赏它，而不会对剧情有任何的影响…我坐在一个豪华的包厢里，观看一场更为悲惨的演出。”司徒雷登对美国政府在中国内战中的作用感到十分苦恼，“（援助）的故意拖延和少给…使得美国成为中国所有阶层指责的对象…我自己也在这时候遭遇了尴尬的情境，一直以来，我都被看作是美国自由主义对中国的友善代表，现在却被批评是美帝国主义政府的官方代表帮助腐败、堕落的蒋介石国民政府…作为一个外交人员，我学到的第一个教训，也是最深刻的教训，就是言多必失。”

南京解放后，中共任命了燕京大学毕业生黄华负责对外事务，并与司徒雷登进行了会面，这种会面根据司徒雷登本人的回忆并不具备政治或外交意义，新政府将他的身份严格定义为“普通外国侨民”，司徒雷登对这段期间称之为新政府的“无视”，虽然后来历史学家对这段时间黄华与司徒雷登的会晤寻找到了更多的政治意涵，但美国国务院显然对此无兴趣，用司徒雷登本人的话来说，“（新政府）需要接受考验。”

随着上海的解放，司徒雷登在黄华安排下来到上海，他在离开中国的最后一段时间，仍希望通过个人渠道了解新政府的意图，8月2日，司徒雷登乘飞机离开南京，返回美国，赶在国务院发表“白皮书”之前，他在夏威夷停留期间，收到了这本由美国国务卿艾奇逊亲笔起草的著名的“白皮书”，书名是《中美关系变化--特别是1944年至1949年间的关系》。司徒雷登引用了白皮书里的一段话“近代中国的命运很大程度上是因为以下两个因素：第一是人口增长过快，导致它的土地面积不能满足所有人的需要；第二是西方现代思想的冲击，这在动荡的时局中激发了更激烈的骚动和不安。”在另一段对日本侵华战争及其影响的评论时，白皮书写道：“在那个战争的年代，最大的悲剧是财产和人才的损失，这个民族中开始成为自由、民主的基石的中产阶级几乎被毁灭殆尽。”在白皮书中对新中国未来的展望中，白皮书写道：“但我们仍然相信…中国悠久的文化和民主思想会再次觉醒，挣脱外国的枷锁，我认为，在现在和将来，支持朝这个方向发展的任何举动，都是值得的。”

美国国务卿艾奇逊

司徒雷登对艾奇逊的白皮书表示出严重的不安，因为文件公开发表了美国对另一国的批评，这在国际关系中从未发生过。而美国政府在对待国民党政权的态度也正如司徒雷登所言的那样“前后不一致”，白皮书发表两个月后的10月4日，国务院声称仍旧承认国民政府的合法地位，到了1950年1月，又声明不会再给予迁到台湾的国民政府任何援助，但是6月当朝鲜战争爆发后，美国的态度又再度发生变化，在司徒雷登看来，这一阶段美国政府对中国的态度“呈现出了一种迷茫的、毫不同情的失败主义。

1952年11 月28日，司徒雷登向杜鲁门总统提出了辞呈，表示辞去美国驻华大使的职务。退休后的司徒雷登可以静静地思考他的一生，此时他住在华盛顿西北郊区的傅泾波家中，傅是司徒雷登终其一生的学生和助手，也照料了司徒雷登最后的人生时光。

司徒雷登一生与中国、宗教和教育息息相关，尤其是对中国抱有深深的情感，但作为一名传教士和教育家，他显然并不适合担任美国驻华大使，所以尽管他经常抱有良善的意愿，但却没有收到多少正面的成果，其在中国的外交生涯，正如白皮书所言的美国对华外交政策一样，是一场彻底的失败。