书院，是中国古代民教教育的重要场所，对文化的传播，对新思想的产生都有非常重要的影响。书院产生于唐朝，但在宋朝才真正演变为了教育机构。宋朝之所以思想繁荣，其中一个重要的原因就是书院教育兴起。宋朝之后，中国书院的发展可以说是相当曲折。
首先，宋金元更替之际，由于战争频繁，全国的书院被战争毁坏的很多。战争结束后，“元朝统治者对于书院采取保护、提倡和加强控制的政策”。元朝时期，全国书院有408所，新建的就有134所。《日下旧闻》记载“书院之设，莫盛于元，设山长以主之，给廪饩以养之，几遍天下。”
但是也需要注意，元朝鼓励书院建设的同时，积极将书院转为官学。例如书院教师由官府任命，招生、考试等由官府主导，书院经费由官府提供。也就是从元朝开始，程朱理学成为了国家正统思想，而各大书院的讲学内容也基本就是程朱理学了，从此书院就开始失去了“百家争鸣”的特征了。
到了明朝，中国的书院建设出现了一个低谷。《中国教育史》说“明朝书院由于受统治阶级文教政策及其内部矛盾的影响，其发展经历了沉寂—勃兴—禁毁的曲折过程”。
第一个阶段，从明朝建国到1505年的130年多年间，明朝的书院处于沉寂状态。原因是明朝试图以官学垄断一切学问，对书院不提倡、不修复。许多书院在元末明初的战火所毁，但明朝并不想重修。例如白鹿洞书院在1351年被毁，但直到1438年才重建。明朝官府甚至直接占据书院的土地，将之改为府学、县学等。
第二个原因，就是明朝规定“科举必由学校”。以前的科举制是自由报名，就如果现在的高考也是可以自由报名的。但是明朝规定科举制只能通过学校渠道，必须要去地方的学校读书，才能报考，这就导致书院被冷落。
再加上书院的学风比较自由，这是有悖于明朝的“文字狱”等思想控制政策的，因此明朝初期是对书院是不支持。不过，沉寂时期的书院也在陆续重建，只是数量很少。
第二个阶段就是从1506年到1566年的60年时间，明朝的书院处于繁盛的状态。根据统计明朝一共出现了1239所书院，其中嘉靖年间占据37%，万历年间占据22%。嘉靖年间书院之所以繁荣和明朝的政治密不可分。
嘉靖年间，宦官专权，朝政十分腐败，于是一些士大夫就设立书院，通过书院讲学来讽刺朝政，选拔人才，这一幕和东汉时期的“清议”之风是十分相似的。第二，明朝中期科举腐败，官学衰落，学校有名无实，于是许多有志的士大夫就选择开办书院，收徒讲学。第三，心学得到发展，支持心学的士人力求在各地建立书院和官学针锋相对。
当时有着两位著名的心学讲学者，分别是湛若水和王阳明。湛若水是明朝比较出名的教育家，他讲学55年，在全国建设了40所书院，弟子多达数千人，遍布大江南北。王阳明，是心学的集大成者，他对外讲学长达23年，先后修建了龙岗书院、濂溪书院、敷文书院等，并在全国多个著名的书院讲学，推动了书院讲学的繁荣。
湛若水雕像
但是，陆王心学始终不是明朝官方的学问，湛若水、王阳明等大肆讲学，宣传心学，这必然会遭到程朱理学的攻击，同时也会遭到官府的打压。因此，繁荣没有多久，明朝的书院讲学就进入了第三个阶段——禁毁阶段。
明朝第一次毁灭书院是1537年，当时有御史游居敬疏斥南京吏部尚书湛若水“倡其邪学， 广收无赖， 私创书院”，于是嘉靖皇帝下令毁掉湛若水创办的所有书院。
第二次是1538年，礼部尚书许讃认为官学颓废，而书院则“聚生徒，供亿科扰”，因此建议毁灭书院。嘉靖帝听闻后，“即命内外严加禁约，毁其书院” ， “甲毁天下书院”。 需要注意，当时真正在朝廷掌权的人物是严嵩，他是宦官实力的代表，因而对民间的“清议”之风十分反感，他下令毁灭全国的书院，目的就是遏制书院批评朝政之风。这次处理书院，大多数官办的书院，因此还未从整体上影响当时书院繁荣的局面。
王阳明
第三次禁毁书院是1579年，主谋人是张居正。史称“张居正最憎讲学，言之切齿。” 他攻击书院“作伪之乱学”，“讲学者全是假好学”。他下令毁灭天下书院，让各省所有的书院都改为公廨（官学），当时仅应天府就有64个书院被改为公廨，这是明朝禁毁书院最严厉的一次。许多书院为了保存下次，被迫改变名字，如安福县复古书院，易名“三贤祠”；贵溪县象山书院易名“象山祠” 。
张居正
圣贤以经术垂训，国家以经术作人，若能体认经书，便是讲明学问。何必又别标门户，聚党空谭。今后各提学官，督率教官生儒，务将平日所习经书义理，著实讲求，躬行实践，以需他日之用。丌许别创书院，群聚徒党， 及号召他方游食无行之徒，空谈废业。——张居正
在万历年间，明朝还折腾死了当时最伟大的思想家——李贽。李贽的思想比王阳明激进，直接反对程朱理学，攻击理学的虚伪，被视为“离经叛道”。1602年，李贽被明朝官方以“敢倡乱道，惑世诬民”的罪名逮捕，他的著作被焚毁。被关押时，他已经67岁，不堪其辱，于是在狱中自杀。
第四次禁毁书院发生在1625年，主导者是魏忠贤。当时宦官专权更加严重，朝廷更加腐败，于是许多士大夫就讲学于东林书院，在讲学之余发挥清议之风，批评时政，在朝廷引起了很大的影响。魏忠贤等人对此非常忌惮，于是下令“毁天下东林讲学书院”。虽然名义是专门针对东林书院，但实际上却牵连甚广，许多书院都会被怀疑是东林书院，一律禁毁。
明朝灭亡，清朝入关，中国的书院就上接元朝的模式继续发展。虽然清朝也不鼓励书院的自由讲学之风，强调将书院引导到官方教育体系，但是从未对书院进行大规模的禁毁，这一点和明朝相比是更加理智的。康熙年间，大规模发展书院，并且邀请大量的明朝遗老讲学，并且对曾经参与反清复明的“斗士”既往不咎，于是黄宗羲、顾炎武、王夫之等得以出山讲学立说，开创了清朝前期学术繁荣的表现。
雍正年间和乾隆中期，文字狱盛行，思想控制严格，于是学术又比较低沉，但是始终没有出现大规模毁灭书院的事情，其文字狱也基本针对反清、反满的言论，并不波及其他内容。乾隆后期，文字狱政策被废除，学术又逐渐开始出现的新的发展趋势。
从清朝中期开始，书院之中出现了诂经精舍和学海堂，这种书院专门从事于学术研究，不涉及科举，独立于官方。在这种书院的推动下，清朝的乾嘉学派兴起了，考证、训诂等学问发展到了历史的顶峰，出现了章学诚、惠栋、戴震、钱大昕、段玉裁、王念孙、王引之等重要的学术大家。直到近代都有许多大家，例如龚自珍、梁启超、黄侃、刘师培、王国维、章太炎、刘文典等都是从这种学问里培养而出的。
从书院的发展历史可以看出宋元明清四大对思想的控制程度。宋朝思想开放自由，书院讲学之风盛行，因而出现了理学、心学、气学等学问。元朝程朱理学成为正统，书院逐渐官学化。明朝试图将书院官学化，严厉控制思想，但是缺乏理智的制度和措施，手段粗暴，对书院和进步思想的打击最大。清朝继续将书院官学化，但是书院之中又分离出了非官学的书院，推动了学术研究的进步。
