各省厘金开办之初，因为多由军营粮台、军需局、筹饷局等机构经理其事，后来才普遍设立专局总理厘务。各省总局名称不一，有捐厘局(淞沪)、厘捐局(金陵、天津)、牙厘局(苏州、浙江、安徽、江西、云南、湖北)、厘金盐茶局(湖南)、厘金局(广西、山东、甘肃、四川、贵州)、税厘局(福建)、厘税局(陕西、河南)、筹饷局(山西)。

清代陕西汉中府五两银锭 公博评级MS64

在总局之下，同时又设立各局卡。各通商要道设正局或正卡，经理抽厘。其下所属征收机关有分局分卡。广东主要抽厘机关不称局而称厂，厂之下有分厂分卡，相当于其他各省的分局分卡。稽查及缉私机关，有分巡、巡卡及巡船、炮船等，使各省厘厂局卡的分布遍地林立。如湖北省自咸丰五年(1855)以来，所役厘金局卡曾达四百八十余处；由扬州至淮安不过三百里路程，中间设有八个厘卡；苏州至昆山不过五十余里，竟有四处收厘卡。先前商人从事省际贸易贩运货物，从汉口到上海，只有武昌、九江、芜湖、江宁、镇江、上海六处常关征税，自厘金制度兴起后，由汉口至上海，据《申报》评论：“厘卡之多，犹不止倍于税关之数，其司事巡丁之可畏，亦不止倍于税关之吏役。”当时统兵人员私设厘卡抽课，未经入奏者极多。各省设立厘金局卡以咸丰末年和同治初年最多，估计总数当在三千处左右，光宣之际，全国局卡总数至少仍有二千二百三十六处左右。

清代陕西税厘局10两银锭

局卡既多，用人亦滥。厘局差事最优，据说得一厘差，每年可获万金或三、五千金不等。清末官场中竟有谓“署一年州县缺，不及当一年厘局差”之语。厘局薪金不多，主要是靠侵蚀朘削而得此巨款。厘金税率、抽法及年收入 厘金税率，各省极不一致。厘金开办之初，如湖北按货值每千文抽收十二文，湖南每千文抽取二、三十文上下为率；上海则为每千文抽取三、四十文不等；抽收的办法，各省亦各有规则。时人揭露：“各省厘捐章程不一，大约厘之正耗，较常税加重。”例如安徽从咸丰三年起开办征收茶叶税厘助饷，税率从量计算，至同治六年(1867)茶税比原定税负增加二点七倍。厘捐如此繁重，既阻碍商品流通，又抑制了生产发展。同时，“各省厘捐章程不一”便于对商民的勒索和榨取，使经手厘金的委员和吏役上下其手，“从中私饱”。

清代四川万县10两土厘局（鸦片税）银锭

厘金每年收数，同治七年各省对户部照例“不造报销”。根据有关官书档案材料计算，湖南、湖北、江西、江苏、浙江、福建、广东、广西、河南、山东、山西、陕西、四川、奉天十四省匣金岁入最低数，在同治以前当在一千三百六十万两上下，最高可达到一千九百八十三万左右。开办初期是厘金收入最旺的时期，比清朝政府原来岁入额数约高出三倍至四倍。这笔巨大的新税源填补了咸丰年间财政的匮乏。同治前后，江苏、湖南、湖北、江西、安徽、福建、广东等省的厘金收入，几乎全部用作镇压农民起义的军事费用，特别是湘军和淮军的饷源，自始至终以搜刮厘金为基础。

清代山东10两土药局（鸦片税）银锭

自同治五年以后，各省厘金收入尽管开始日渐减少，但在各省厘金开支中用于军费部分仍占较大的比重。光绪二十九年(1903)各省厘金收入计银一千一百七十多万两，宣统三年(1911)达四千三百一十八万多两。厘金创始之初，本是一种临时筹款方法，同治三年七、八月间，清廷臣工多有整顿备省厘金革除积弊的奏议，厘金曾经一度议裁而未果，竟然使它取得了经常性正税的地位。如此情形一直持续到民国初期。1931年1月1日，国民政府最终取消了厘金制度。