众所周知，哈尔滨工业大学和东南大学都是理工强校，两校有诸多的共同点，都属于985、211、双一流高校重点建设高校，都入选了101计划名单，当然也有不同，如哈尔滨工业大学隶属于国家工业与信息化部、而东南大学隶属于国家教育部。

以双一流建设学科来说，哈尔滨工业大学为力学、机械工程等8个；东南大学为机械工程、材料科学与工程等12个。从学科数量上来说，东南大学比哈尔滨工业大学多了4个。两校有一样的建设学科，比如机械工程、计算机科学与技术等。但也有航空宇航科学与技术、生物医学工程等不同的学科。

两校都入选教育部首批未来技术学院，哈尔滨工业大学未来技术学院面向电子信息、航空航天、材料、力学、智能机器人、人工智能、智能制造和生命健康等国家急需和行业前沿领域的未来技术培养具有前瞻性、能够引领未来发展的科技创新领军人才。

东南大学未来技术学院面向未来机器人、信息、电子、计算机、材料、生医、医学影像等等方向的新兴交叉学科专业，培养能引领机器人技术发展、解决机器人领域未来5-10年后出现的具有原创性、交叉性和颠覆性的技术问题的领军人才。

两校办学空间也都早已扩展到其他地市、省市，招收本科的校区目前东南大学就有南京、苏州、无锡有校区；哈尔滨工业大学在哈尔滨、威海、深圳均有校区，地跨东北、山东和东南。

综上所述，如果你更倾向于华东区域发展，那东南大学无疑是很不错的选择，毕竟办学地还是有优势的，学医学也优先东南大学，毕竟有原铁道医学院的老底子。如果要想进入航空航天领域那无疑是哈尔滨工业大学是最好的选择，在医学领域，哈工大弱一些，但近日哈尔滨工业大学（深圳）医工学院成立，培养具有国际视野和创新能力的医学工程人才。