同安孔庙是厦门唯一一座孔庙，虽然在全国几十座孔庙中属于规模偏小的，却有着特殊的历史，这要从陈永华其人说起。

陈永华是明末清初同安人，字复甫，他就是野史中立志抗清的天地会总舵主陈近南的原型。陈永华的父亲陈鼎是个举人，任职同安教谕，清军入关进人福建时，同安县拒不开城，城破之日清军屠城，造成五万多人丧生，陈鼎也自缢于同安孔庙中的明伦堂。

当时，14岁的陈永华听说了父亲的噩耗，独自入城求尸，身背父亲遗体，为父亲殓葬，发誓与清廷誓不两立。葬完父亲后，陈永华便投奔了当时占据中左所（厦门岛）的郑成功，成为他的幕僚，郑成功称赞陈永华“乃今之卧龙也”，委以重任。

由于陈鼎在同安县便主管教育，陈永华受他父亲影响，在郑成功收复台湾后，也致力于发展台湾教育。他对同安孔庙了解最为详细，便向郑成功的长子郑经建议在台南也建一座孔庙。郑经起初并不在意，陈永华据理说服，终于在1666年建成了台南孔庙，这也是郑成功收复台湾后建立的第一所高等学府。陈永华还派专人到同安请老师赴台讲课。

陈永华死后，清政府收回台湾，将他的墓迁到了集美区后溪镇后溪村下店，当地人称之为“将军墓”。后来将军墓被发掘，出土了两枚印章和一块墓志铭，印章上的“复甫”字样证实墓中人确实是陈永华。