1946年春夏，内战的烟云笼罩在全国人民的头上。
为了促成和平，周恩来率领的中共代表团仍然在坚持斡旋，当时国共双方尽管已经签订了双十协定，可许多局部的军事冲突仍然不断加剧。
当时，党中央毛主席从全民族的利益出发，在尽可能不损害，在不损害人民利益的情况下，决定让出广东、浙江、苏南、皖南，皖中、湖南、湖北、河南等省区内的八块革命根据地，将这八块根据地内的绝大多数武装力量集中到北方区，以便于执行中央“向北发展，向南防御”的战略方针，并在政治上占据主动位置。
分散在这八块根据地内的八路军、新四军陆续北撤，其中还包括在广东的东江纵队。
就连远在海南的琼崖纵队，也接到了中央指示，并核定员额为1800人。与东江纵队一同撤到山东烟台。
琼纵后来也确实做好了一切准备，可后来发生的一系列情况，却让整个北撤行动彻底化为泡影。
一抗战胜利后，蒋介石派韩练成的46军到海南接受日伪军投降，同时解决海南的琼崖纵队。
韩练成本来是地下党员，赴海南之前就曾接受中央指示，在保全自身的情况下，尽可能的维护琼崖纵队周全，可无奈当时的琼纵与中央失联已久，对于身处敌方阵营的韩练成抱有敌意，以至于双方误会不断。
1946年1月，韩练成被琼纵伏击受伤，46军也交由桂系将领海竞强指挥，对琼纵发动大规模的进攻，琼纵损失惨重，对韩练成也就更加恨之入骨。
这个误会一直到解放后才彻底解开。
同月，广东区委为了加强对琼纵的领导，因此特意派黄康到海南，参与琼纵指挥与领导，贯彻广东区委坚持斗争的指示。
不过，出乎意料的是，就在黄康离开后不久，中央的指示就下来了。
当时，中央作出了让琼纵与东江纵队一起北撤的决定，广东区委接到中央指示后，特意派了符气岱和林树兰两同志冒着危险到海南去，将中央这一指示传达过去，这也是琼纵时隔多年后首次接到中央指示。
冯白驹听到中央指示后，也深表赞同，他认为：
“党中央为了击破国民党发动内战的阴谋，争取全国人民的同情，在不违背全国人民利意的原则下，让出八个解放区，可以取得政治上的主动。同时，一方面可以巩固北方的解放区，另一方面使南方的部队在内战全面爆发后，不致于孤悬敌后而被吃掉。琼崖纵队北撤山东烟台的决定，就是按耐这个精神做出的。对于上级的指示，琼崖特委应该贯彻执行。”
琼纵为了贯彻中央指示，广东区委的代表以及中央代表王若飞一起到广州参加军调小组，同国民党张发奎一起谈判北撤事宜。
可当时的情况是，在46军大举进攻下，琼纵伤亡颇大，躲进了深山老林之中，有鉴于此，张发奎根本就不认琼崖党组织和琼纵。
张发奎傲慢的态度也让琼纵意识到，琼纵想要撤离海南，是件很困难的事儿。
冯白驹从一开始就意识到，琼纵想要北撤困难重重，因此一面派人与张发奎谈判，一面授意庄田到香港去，找时任中共南方局的负责人方方汇报情况。
冯白驹的想法是，与其北撤不顺利，不如仍然留在海南坚持斗争。
二庄田与助手罗文洪交接工作后，在地下党组织安排下乘船出海。
应该说在当时，这样的举动还是有很大风险的。
国民党军对海南的封锁控制比较严，更为关键的是，庄田作为琼纵的主要领导人，在国民党当局是挂过号的，加上几次外出协商谈判，国民党特务都认识他，想要不动声色的乘船出海，难度不是一般大。
很不凑巧的是，就在地下党组织准备船只的同时，海南突然戒严起来，国民党军警宪特在海口大肆搜捕，并封锁了所有的海陆文通线，规定过往人员准进不准出。
庄田意识到再拖下去，很有可能出不了岛，因此要求地下党同志加紧准备船只。
一行人好不容易乘船到了湛江，可国民党军并没有放松警惕，各地都加紧了搜捕，庄田有种感觉，自己此次出行的消息很有可能已经泄露。
果不其然，当赶到香港以后，庄田碰上了珠江纵队的代表谢立全。谢立全一见是庄田，十分高兴，上来就给了他一个拥抱。
谢立全递上来一张报纸，并告诉庄田：
“你好好看吧，敌人的报纸刊登了你被捕获的消息，我们都不明真相，真假难辨，可把我们急坏了！”
庄田一看报纸，只见上面写着：
“共匪琼纵副司令庄田等途经湛江时被我侦缉机关捕获”
庄田后来也是听南方局的同志说起，他们从湛江出发以后，国民党军便派出两路追捕大军出动，专门在湛江至香港的海面上搜寻他的踪迹。
那时香港地界也不安全，国民党特务四处活动，南方局的生存尚且艰难，更不要提他们这种远道而来的客人。
几经辗转，庄田才见到了南方局的负责人方方，向方方汇报了琼纵的情况。
考虑到中央对琼纵的情况并不了解，因此方方建议，让庄田等人去南京，直接找周恩来汇报工作……
从香港乘船去上海，再经上海转南京，这途中就顺畅了许多，很快，庄田就抵达了南京，并在梅园新村见到了正率团与国民党当局斡旋的周恩来。
庄田介绍了琼纵的情况，周恩来热情的赞许了琼纵的斗争，末了问了一句：
“琼崖特委对中央把南方部队撤到北方去有什么意见？”
庄田整理了思绪说道：
“我们觉得中央从全局出发，调整我军战略部署是正确的。我们海南的革命斗争一直是在远离中央、孤悬海外的环境下进行的，尽管环境十分艰苦，但由于海南的党组织坚定灵活地执行党中央的指示，紧紧依靠三百万海南人民，革命红旗始终不倒。现在，琼崖纵队已发展到一万多人，建立了以五指山为中心的革命根据地，解放了三分之二的土地，而国民党四十六军正在疯狂地“围剿”。在这种情况下，如果把部队集中起来北撤，就有被一举歼灭的危险。特委经过反复讨论，要求继续坚持海南武装斗争，直到最后胜利。请中央考虑我们的请求。”
周恩来考虑再三，决定先向中央请示，庄田、罗文洪两人在南京等了几天，终于接到了中央同意他们意见的消息。
庄田因为目标太大，后来就没有回海南，而是留在粤桂边领导游击队，助手罗文洪返回海南，向琼纵宣布了中央这一决定。
三琼纵坚持海南斗争，各方面条件确实存在很大的困难。
1946年8月，在香港的南方分局派联络员传来指示，鉴于坚持海南斗争困难，建议琼崖纵队把全部干部和骨干与东江纵队留在当地的一部分干部转移到越南去。
这主要是从保全这一批富有领导斗争经验干部的方面考虑。
此次冯白驹明确表示不同意，理由主要有两点：
一、敌人正在疯狂“围剿”，北部湾有敌空军和兵舰日夜巡逻，弄不好就会造成全军覆灭；
二、琼崖党组织和军队有大批久经锻炼的斗争骨干，有牢固的山区根据地，有各民族人民群众的支持，完全能够坚持斗争。
尽管琼纵当时处境极为艰难，但从上到下，大家都很有信心继续坚持斗争。
不久之后，东江纵队和广东区委的电台送到，琼纵终于可以通过电台直接与中央联系，冯白驹将自己的想法以及琼纵干部的认识汇报给了中央，党中央经过通盘考虑，同意了冯白驹的请求。
1946年10月30日，正值全国内战爆发，各大解放区局势紧张之际，毛主席直接致电琼崖特委：
“冯（白驹）、黄（康）、李（明）：酋宥（即十月二十六日）电悉。你们意见很对。你们应当坚持斗争，扩大军队，扩大解放区，学会集中主力打运动战，争取每次歼灭敌军一营一团，同时发展民兵游击队，配合主力作战。你们应以占领整个海南岛为目标，将来再向南路发展。你们《坚持自卫反击再决议》是正确的。”
尽管琼纵未能按照原定计划北撤、南撤，但却为海南保留下来一支生力军，在后来的解放战争中，琼纵虽然处境艰难，但勇敢顽强、四面出击，自身不仅没有被消灭，反而还壮大了不少。
1947年10月，根据中央的命令，广东省琼崖游击队独立纵队改编为中国人民解放军琼崖纵队，冯白驹任司令员，琼纵下辖第一、第三、第五总队以及一个独立支队，总兵力达到了8000余人。
到1950年，四野大军发起解放海南岛战役期间，琼纵不仅派代表联络，还在岛上四面出击，配合大军进军，薛岳就不得不分出部队去围困和“进剿”琼崖纵队，其引以为傲的坚固防线，反而四处漏风。
如果当初琼纵按照预定计划北撤，或许我军在北方或新增一强力纵队，但却绝不可能从战略上起到如此效果。
时任十五兵团副司令员的洪学智，后来总结海南岛战役的胜利时，还特别提到了琼纵在其中的积极意义。
