最新消息：2024年11月15日，根据新建北沿江高铁南通站施工预审公告，预计南通站改扩建2024年12月开工建设，于2027年建成。

改造前的南通站：2004年7月1日开始办理客运业务，位于南通市崇川区，目前站台规模3台7线，建筑面积1.17万㎡。途经线路有宁启铁路等。截止目前，南通站在42小时内，可抵达国内121个城市，可达200个车站。车站可达乌鲁木齐、哈尔滨、昆明、广州等地。

改造后的南通站：在既有的南通站北侧，新建高架高架候车室布局，即北沿江高铁场，规模3台8线，并且在北侧预留城际场3台5线等，届时南通站车站规模为 9台20线。车站规模由国铁普速场+北沿江高速场+预留城际场。车站最高聚集人数6000人，新建高架站房建筑面积5.5万㎡。

途经南通站的主要线路有：

宁启铁路：2004年4月18日开通运行，连接南京至【南通】启东的普速铁路，起始站林场站-吕四站。线路长约376公里，林杨至南通段设计速度200km/h，南通至启东段设计速度160km/h，启东至吕四段设计速度120km/h等；

北沿江高铁：起始站上海宝山-合肥南，预计2027年开通运行；

沪通城际铁路：规划中，连接上海与南通的城际铁路，线路长约140公里，按200km/h的速度建设。将设南通西、南通、海门、上海虹桥等车站。

南通站改扩建建成后，全新的高铁枢纽站，将展示在人们面前。届时，南通站到达成渝地区更加便捷，缩短与上海的时空距离，可通达上海东站。