导读

野生动物宏病毒组的测序研究近年来取得了显著进展。这些研究为我们提供了大量关于病毒多样性、宿主-病毒相互作用及病毒生态学的新见解。本期给大家分享几篇病毒组在野生动物领域的研究应用，一起来看看吧~

文献一

文献标题：Substantial viral diversity in bats and rodents from East Africa: insights into evolution,recombination, and cocirculation

译名：东非蝙蝠和啮齿类动物中病毒的多样性研究:对进化、重组和共循环的认识

发表期刊：Microbiome

影响因子：15.5（Q1）

发表时间：2024.04

摘要

人畜共患病毒在全球范围内造成重大的公共卫生和社会经济问题。了解病毒如何在野生物种内部和之间进化和传播，是主动识别病毒威胁以预防未来大流行的关键一步。尽管有许多影响病毒多样性的因素，但东非病毒群落的基因组多样性和结构仍是很大程度上未知的。

本研究利用通过超深度宏转录组测序获得了38.3 Tb数据，并从肯尼亚和乌干达的844只蝙蝠和250只啮齿类动物中筛选了野生的脊椎动物相关病毒组。蝙蝠(212)和啮齿动物(39)的251个与脊椎相关的病毒基因组揭示了东非病毒的巨大多样性、宿主相关的变异性和高度的地理特异性。在被调查的病毒科中，冠状病毒科和环状病毒科表现出宿主特异性低、复制相关蛋白高度保守、病毒进入蛋白之间高度分化、重组频繁的特点。本研究不仅展示了这一人畜共患热点地区的蝙蝠和啮齿动物病毒组的情况，还揭示了由病毒群落进化和扩散驱动的基因组特征，为未来主动监测野生动物中出现的人畜共患病原体奠定了坚实的基础。

文献二

文献标题：Virome diversity shaped by genetic evolution and ecological landscape of Haemaphysalis longicornis

译名：长角血蜱遗传进化和生态景观塑造的病毒组多样性

发表期刊：Microbiome

影响因子：15.5（Q1）

发表时间：2024.02

摘要

长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)主要寄生在花鼠等小型野生动物中，因其地理入侵、种群扩展和新出现的疾病威胁而备受关注。然而，我们对长角血蜱病毒的遗传多样性和生态因子的了解仍有很大的差距，这对于我们了解病毒和载体，以及载体和生态因子之间的相互作用很重要。本研究对136株长角血蜱进行了宏转录组测序，鉴定出48种病毒的508种RNA病毒，其中22种未报道过。系统发育分析将蜱分为2个遗传分支，每个进化分支在地理上聚集，并与海拔、降水量和归一化植被指数等生态因子显著相关。这两个分支在病毒组多样性方面显示出显著差异，并且共享大约1 / 5的病毒物种。值得注意的是，引起发热伴血小板减少综合征的大别班达病毒仅在进化枝1的蜱中检出，而进化枝2特异性病毒中有一半与水生动物相关。本篇文章主要阐述了长角血蜱病毒组的多样性受其内部遗传进化和外部生态环境的影响，为深入研究病毒-媒介相互作用，评估长角血蜱传播病毒给人类和动物的风险提供了新的基础。

文献三

文献标题：Viral diversity in wild and urban rodents of Yunnan Province, China

译名：云南省野生鼠类和城市鼠类的病毒多样性

发表期刊：Emerg Microbes Infect

影响因子：13.2（Q1）

发表时间：2024.01

摘要

啮齿动物占已知哺乳动物物种的40%以上，存在于各种陆地栖息地。它们是人畜共患病毒(包括沙粒病毒和汉坦病毒等有害病原体)的重要储存库，但对其宿主和分布的了解有限。因此，确定这些动物的病毒组特征对于疫情防范至关重要，尤其是在哺乳动物多样性的潜在热点地区。本研究纳入2020—2021年在云南省采集的124只啮齿动物和1只树鼩的681个器官。通过宏基因组测序分析揭示了在不同人类干扰的生境中啮齿类动物器官中哺乳动物病毒的独特特征。在人为干扰程度较高的地区，R. tanezumi表现出最高的病毒多样性，其中脾和肺样本在器官水平显示出最高的病毒多样性。共生和非共生鼠的哺乳动物病毒多样性被确定与景观干扰呈正相关。一些病毒科与特定的器官或宿主物种相关，提示这些病原体的趋向性。值得注意的是，本研究还确定了可能感染人类的已知和新的病毒物种。R. tanezumi被确定为多种人畜共患病毒的储存库和载体，包括bocavirus、hantavirus、cardiovirus和lyssavirus。这些发现强调了啮齿动物群落组成和人类活动对不同病毒组的影响，而R. tanezumi是人畜共患病毒的重要宿主。

参考文献

[1] Wang D, Yang X, Ren Z, et al. Substantial viral diversity in bats and rodents from East Africa: insights into evolution, recombination, and cocirculation[J]. Microbiome, 2024, 12(1): 72.

[2] Ye R Z, Li Y Y, Xu D L, et al. Virome diversity shaped by genetic evolution and ecological landscape of Haemaphysalis longicornis[J]. Microbiome, 2024, 12(1): 35.

[3] Kane Y, Tendu A, Li R, et al. Viral diversity in wild and urban rodents of Yunnan Province, China[J]. Emerging Microbes & Infections, 2024, 13(1): 2290842.