阿奇霉素和克拉霉素都属于大环内酯类抗菌药物，从化学结构来看，克拉霉素属于14元大环内酯类，阿奇霉素属于15元，两种药物的区别在于

上呼吸道感染

上呼吸道细菌感染，主要包括咽炎、扁桃体炎，鼻窦炎以及中耳炎等，阿奇霉素和克拉霉素对于呼吸道感染常见致病菌：肺炎链球菌、卡他莫拉菌和流感嗜血杆菌都有一定的抗菌活性，但是逊色于青霉素和头孢菌素类。与阿奇霉素比较，上述致病菌对克拉霉素的耐药率要低于阿奇霉素。

支原体肺炎

与克拉霉素比较，阿奇霉素在相关指南中获得了更多的推荐，尤其是儿童支原体肺炎的感染者，阿奇霉素是首选的品种，这是因为，阿奇霉素抗支原体活性强，肺组织的浓度高，半衰期长，仅需要一天给药一次，服药3天后可停药，停药4天内肺组织中也能保持较高的抑菌浓度，因此，通常情况下，阿奇霉素服药3天，就能达到服药一周左右的抗菌效果。也就是通常所说的吃3停4。

宫颈炎、盆腔炎

对于女性生殖道感染，如宫颈炎、盆腔炎，克拉霉素和阿奇霉素均可经验性用于治疗沙眼衣原体感染所致宫颈炎，但是对于盆腔炎的治疗，相关指南更多推荐阿奇霉素，可经验性的用于由沙眼衣原体、解脲支原体等非典型致病菌参与的感染。

幽门螺杆菌感染

目前根除幽门螺杆菌主要采用铋剂+拉唑类抑酸药+两种抗菌药物的四联方案，克拉霉素是相关指南推荐的抗菌药物之一，但阿奇霉素并未有纳入根除幽门螺杆菌的抗菌药物目录。