今俄罗斯阿尔泰共和国的南部地区历史上隶属于蒙古乃蛮。现代阿尔泰共和国的领土曾被鲜卑、柔然、蒙古帝国、金帐汗国、准噶尔汗国和清朝统治。

俄文资料记载：“1206年，现在的阿尔泰共和国领土成为蒙古帝国的一部分，从塔米尔河、鄂尔浑河一直到额尔齐斯河，蒙古乃蛮部落的定居疆域不断扩大。 乃蛮占领了克列特山脉以西的土地，即现在的蒙古西部、阿尔泰共和国南部和哈萨克斯坦东部。 14世纪，蒙古帝国分裂成不同的国家。 直到 1758 年，阿尔泰共和国的现代领土仍然是蒙古国家（北元、准噶尔汗国）的一部分。”

“长期以来，阿尔泰地区一直是准噶尔汗国（见上图）的一部分。俄罗斯拓荒者称阿尔泰人为“白卡尔梅克人”。 南阿尔泰人直到 1756 年一直处于准噶尔人的统治之下，在准噶尔国家灭亡后‘自愿’成为俄罗斯帝国的臣民。 至少从 17 世纪末开始，北阿尔泰人就向俄罗斯沙皇缴税。”

另有日本记载的阿尔泰共和国地区历史，较为客观：“13世纪，该地区被成吉思汗蒙古帝国征服。从1700年代中期开始，俄罗斯人开始殖民该地区，阿尔泰人逐渐从游牧生活方式过渡到定居生活方式。 20世纪初，主张摆脱俄罗斯统治的宗教团体获得了广泛支持，但抵抗很快就被镇压。”

清朝时期是阿尔泰共和国所属地区的一个半自治时期，阿尔泰乌梁海部原附属于准噶尔。乾隆十九年（1754年）归附清朝。乾隆二十四年（1759年），清朝确定了阿尔泰山以南、额尔齐斯河以北的地区为该部落的牧场。

自乾隆以后，哈萨克人开始陆续迁入阿尔泰乌梁海地区。同治四年（1865年），因新疆发生动乱，清朝设立乌梁海台站，用于运送从科布多到塔尔巴哈台的军饷和文书。次年，塔城失陷，塔城的厄鲁特兵转移到了阿尔泰乌梁海。光绪三十二年十二月（1907年），阿尔泰乌梁海的七旗被划归阿尔泰地区。1919年，阿尔泰并入新疆，之后开始设立县进行管理。

在清朝管理期间，沙俄西伯利亚将军费多尔·伊万诺维奇·索伊莫诺夫于1760年对阿尔泰地区进行了非军事侦查，并开始了堡垒建设。然而，这些堡垒在随后被清朝的赫舍里·扎拉丰阿拆除。从19世纪20年代开始，清朝例行的边境检查不那么频繁了，吹河流域一直被俄罗斯人占领。

1864年至1867年间，唐努乌梁海地区被《中俄勘分西北界约记》划归沙俄。俄罗斯内战期间，阿尔泰联邦共和国于1918年成立，并宣称是重建成吉思汗蒙古帝国的第一步。然而，它从未成为俄罗斯内战中的竞争力量，从1918年到1920年一直保持中立，随后被并回俄罗斯。

第二个阿尔泰共和国于1921年成立，一直持续到1922年被红军占领。1922年6月1日，阿尔泰人重新获得了自治权，成立了卫拉特自治州，成为阿尔泰边疆区的一部分。苏联解体后，该地区于1992年改名为阿尔泰共和国。