向东扩张的俄罗斯，从17世纪中叶开始在满洲地区与清朝发生冲突（清俄边界争端）。俄罗斯控制了以雅库茨克为中心的勒拿河流域，向原住民土著征缴毛皮和其他物品，随后但逐渐开始对南部温暖适合农业的阿穆尔河（黑龙江）流域表现出兴趣。

参考资料译自：

“中国 対日・対ロ戦争開始の時期を明らかに”. ロシアの声.

从1640年代开始，瓦西里·波亚尔科夫、埃罗费·哈巴罗夫等俄罗斯探险家从雅库茨克南下至黑龙江流域，建立阿尔巴津（雅克萨）等要塞，烧毁农庄、压迫原住民。于是，清国和朝鲜的联军对俄军开始了讨伐战争，阿尔巴津等要塞随之陷落。1689年，《尼布楚条约》划定了清国与俄罗斯的边界，外满洲确定成为清朝领土。

然而，清国衰弱后，俄罗斯寻求太平洋出海口，开始向黑龙江流域和日本海沿岸挺进。19世纪中叶出任东西伯利亚总督的尼古拉·穆拉维约夫-阿穆尔斯基，在黑龙江流域建立了哨所，并组织了一支船队探索黑龙江，他的目的是占领黑龙江左岸。穆拉维约夫还被沙皇任命为负责与清国边界谈判的全权大使。经过穆拉维约夫的谈判，1858年《瑷珲条约》将黑龙江以北地区割让给俄罗斯，1860年《北京条约》将乌苏里江以东地区割让给俄罗斯，外满洲全部成为俄罗斯领土。

俄罗斯开发了海参崴不冻港等新领土，外满洲成为俄罗斯控制亚洲的基地。不过，例外的是位于今黑龙江省黑河市黑龙江对岸、面积约3600平方公里的中国人聚居地-江东六十四屯，被认定为俄罗斯领土，但由清朝管理。

1900年义和团运动（北清事变）期间，清俄也因满洲发生冲突。为报复义和团6月占领布拉戈维申斯克（海兰泡），俄军于7月攻占江东六十四屯，造成至少3000名居住在那里的清国人死亡，发生了死伤2万多人的屠杀事件，清国人被赶入黑龙江河遭到屠杀。

这一事件以及随后俄军占领清国东三省（内满洲）的行动，加剧了日本对俄罗斯的戒备感，江东六十四屯惨案被称为“阿穆尔河上的流血事件”。在内满洲，俄罗斯修建了东清铁路、南满铁路等铁路，并在铁路周围建立了称为铁路附属区的域外地区，旅顺港成为俄罗斯租借地，成为半俄罗斯的领土，俨然变成了殖民地。

参考资料译自：

“中国 対日・対ロ戦争開始の時期を明らかに”. ロシアの声.