“三清”之名，源自六朝时期，最初仅指代“三清境”。随着道教三洞经书理论的逐步发展，“三清”逐渐成为道教中至高无上的尊神。《道教义枢》中提到，洞真法天宝君居于玉清境，洞玄法灵宝君居于上清境，洞神法神宝君居于太清境。《太上苍元上录经》进一步明确了三清即玉清、上清、太清。

《九天生神章经》中，天宝君、灵宝君、神宝君分别被视为大洞、洞玄、洞神的尊神，但最初他们并非“三清尊神”。唐代武宗时期，道教神灵的排列顺序先是元始天尊，接着是太上大道玉晨君，然后是太上老君，即三清尊神，其后才是玉清、上清、太清的三宝尊神。

《业报经》和《应化经》中，天尊以道气化育众生，从劫到劫，因时立化。天尊在不同年代分别以无形天尊、元始天尊、梵形天尊的身份，化育于玉清、上清、太清三境，并分别传授洞真、洞玄、洞神经文。

《元始上真众仙记》中提到，玄都玉京七宝山位于大罗之上，分为上、中、下三宫，分别由盘古真人元始天王、太上真人、九天真皇三天真王治理。这些不同派别的解释虽有差异，但共同促成了“三清尊神”的最终形成。

唐代《老君圣纪》中，玉清境的元始天尊位于三十五天之上，上清境的太上大道君位于三十四天之上，太清境的太极宫太上老君位于三十三天之上。南宋金允中在总结三清、三宝、三洞的关系后，认为三尊的称号在经文中指的是元始天尊、太上道君、太上老君，他们的别号分别是天宝君、灵宝君、神宝君，以三境之名则称为玉清、上清、太清，以三洞之书则名为洞真、洞玄、洞神。

在“三清尊神”中，太上老君出现最早，东汉末年五斗米道成立时，即以太上老君为至高神。东晋时期，上清、灵宝派出现，其经文中开始出现元始天王、元始天尊等新的至高神。梁陶弘景在《真灵位业图》中尝试系统化这些神灵，确立了“三清尊神”的雏形。

五代时期，闽主供奉“三清”为宝皇大帝、天尊、老君。元始天尊位居“三清尊神”之首，在宫观“三清殿”中居中。晋葛洪在《枕中书》中提到，元始天王是天地之精，自号元始天王。宋代道士宁全真认为元始天尊即是元始天王。《云笈七签》中，元始天王被视为一位尊神。

灵宝天尊位居“三清尊神”第二位。南北朝时期，《上清》《灵宝》经中出现了太上玉晨大道君、太上大道君。梁陶弘景在《真灵位业图》中将上清高圣太上玉晨玄皇大道君列为第二神阶中位，被视为万道之主。

《灵宝略纪》中提到，太上大道君在开皇元年托胎于西方绿那玉国，三千七百年后降生于郁察山浮罗之岳。元始天尊下降，授予道君灵宝大乘之法十部妙经。道君即广宣经箓，传教于万世。

《洞渊集》中称，玉晨道君是大道的化身，存在于妙有妙无之间。道君审道之本，洞道之元，为道之气，师事元始天尊，称受道弟子。他居于上清真境禹余天中，降金科宝箓、三洞仙经，传教于万国。

从两晋到南北朝时期，元始天尊逐渐成为道教中的至高神，而灵宝天尊则由太上大道君衍化而来，体现了道教以“道”为最高信仰的核心思想。