光绪十二年六月初十，慈禧宣布自己将撤帘还权于皇帝。虽然朝堂官员纷纷上疏请求太后继续听政，但慈禧坚决不受。最终朝廷议定，皇帝从光绪十三年正月正式亲政，但逢重要决策、人事任命时仍需太后训政 -- “凡遇召见、引见，皇太后升座训政”。
此后几年，虽然慈禧没有利用这一条过多干涉政务，并且在光绪大婚后搬至颐和园居住不再参加朝会，但是训政制度仍然让朝堂分化并形成皇太后、皇帝两个权力中心。
光绪二十一年（1895年），北洋水师全军覆灭、日军兵临山海关、京师告急。
太后谕曰：听尔所言，我亦释然矣，皇帝甚明白，甚孝。我每闻军前失利，我哭，皇帝亦哭，往往母子对哭。
刘坤一《文集》
甲午惨败不仅让皇帝、皇太后难以接受，对整个皇朝也打击巨大。朝廷与日议和的消息传开后，各地民众、官绅纷纷向皇帝请愿。除了“公车上书”，恳请光绪不要议和的奏折、电报就达150件。
年轻的皇帝和老练的太后具体有何感想，不得而知，但他们内心肯定都视《马关条约》为屈辱。变法图强的决心，以及日后的百日维新，应该就是源于此刻。
1898年5月29日（光绪二十四年），恭亲王奕䜣去世。朝廷失去重臣的同时，光绪也觉得自己少了一个大展宏图的障碍。6月11日光绪颁布《定国是诏》，维新变革正式开始，只是此时的皇帝并不知道他的维新只能坚持百日。
维新开始后仅四天，光绪就把自己的老师翁同龢给赶出了朝堂。
原因是他在起草《定国是诏》时，将光绪要求的“专讲西学”改成了“中学为体、西学为用”。而光绪发现时诏书已被慈禧审定，不能再驳回、修改了。
光绪对翁同龢的不满不光这一件事，翁同龢反对皇帝接见外国使臣、不同意重用康有为等都让光绪觉得掣肘。但此时翁同龢不仅是帝师，还是两入军机、协办大学士，历任刑、工、户部尚书的朝廷重臣。
更重要的是在朝廷分成皇太后、皇帝两个核心后，翁同龢是站在皇帝这边的。维新之初不尽可能团结一切力量，反而自断手臂。既是光绪盲目自信，也是皇帝过于情绪化的表现。
6月16日，光绪召见康有为。然而一番交谈之后又觉得他言过其实，仅任命为总理衙门章京上行走，此后再未传召。这其实是肯定了翁同龢最初对康有为的评价。
在变法之初，朝廷内部虽有反对的声音，但很微弱。毕竟甲午惨败让所有人都意识到，“覆巢之下，岂有完卵”。或者说当时的反对，更多是在具体的维新方法上的不同。光绪身边“四小军机”的出身，就能说明这一点。
杨锐是湖广总督张之洞的弟子，也是其在京师的“坐京”（类似驻京办主任）。刘光第是张之洞一手提拔的亲信和心腹。林旭是晚清重臣沈葆桢的孙女婿，而且他和直隶总督荣禄关系密切。谭嗣同也是官宦出生，其父谭继洵官至湖北巡抚。
但是光绪自己却在不停得给维新制造“敌人”。
朝廷振兴庶务，不厌讲求，所赖大小臣工，各抒谠论，以备采择……其部院司员有条陈事件者，著由各堂官代奏。士民有上书言事者，著赴都察院呈递。毋得拘牵忌讳，稍有阻格 …
8月2日，光绪发布上谕，要求广开言路，任何人不得从中阻扰。当月礼部官员王照上折建议皇帝、太后亲赴日本考察新政，礼部认为这种建言过于唐突，而且会给皇帝和太后带来危险（李鸿章在日本遇刺过），就没有上呈御前。
光绪听闻后大怒，以“违旨”罢免了礼部六名堂官。而且在这事发酵的几天里，光绪还下旨将詹事府、通政司、光禄寺、鸿胪寺、太常寺、太仆寺、大理寺等衙门裁撤，近万人一下没了饭碗。
这就搞得朝堂上下人人自危，京师开始谣传皇帝受“小人”蛊惑而乱改一通，反对维新的声势一下就高涨起来。
这个“小人”主要是指康有为。虽然朝堂枢臣对康有为评价很低，光绪本人也不怎么待见他。但光绪身边的红人林旭和谭嗣同却是康有为的拥趸，非常认同康有为的主张。阴谋论之下，慢慢就形成了康借林、谭等人蛊惑皇帝，欲掌大权的谣言。
似乎是为了“印证”这一谣言，光绪和“四小军机”化身为新法制造机器。天天都有新的诏令向全国颁布（一共颁布了180道谕旨），9月12日这一天，就颁发了11到谕旨。
这完全不给皇朝适应期，也完全不检验变法成效的做法。对光绪而言是恨不能“一日就让皇朝换新天”，对于皇朝的大部分臣民来说，皇帝真的是被群小迷惑得丧失理智了。
9月14日，光绪去颐和园向太后请安时，被慈禧训斥一顿。他们具体说了什么，目前没有资料可以佐证。不过第二天光绪给杨锐下了一道密旨，而这道密旨则彻底激化了两宫的矛盾。
但必欲朕一旦痛切降旨，将旧法尽变而尽黜此辈昏庸之人，则朕之权力，实有未足。果使如此，则朕位且不能保，何况其他？今朕问汝，可有何良策。
不论光绪如何得出的“朕位且不能保”，杨锐给光绪的建议是，先示弱把康有为赶走，“康不得去，祸不得息也”。但光绪并未听从杨锐的建议。
紧接着16日和17日，因朝廷计划检阅北洋新军，光绪两次召见了袁世凯（直隶按察使）。传召中光绪不但例行封赏了袁世凯（任命为兵部候补侍郎），还口头授予他和顶头上司直隶总督荣禄“各办各事”之权。但除此之外，光绪也没有多说什么，搞得袁世凯除了受宠若惊（清朝皇帝极少这样连续召见外臣），还有些不明就里。
17日光绪也召见了林旭，再次询问他的担忧。林旭给出的建议也和杨锐一样，先把康有为调离京师。光绪这才下旨，命康有为赴上海督办官报。
18日林旭在要求康有为遵旨离京的同时，也向康透露了密诏的内容。康有为认为旧派准备联合慈禧废掉光绪。在他的策划下，当晚谭嗣同主动去找袁世凯，劝其在20日阅兵时捕杀荣禄并率军入京包围颐和园、逮捕慈禧。
不说袁世凯有没有这个能力，以及愿意不愿意。谭嗣同手上既无皇帝书信，也没有其它可信凭证，光绪之前也未给过袁世凯相关指示，他怎么判断这是不是光绪的主意？因此袁世凯含糊其辞，婉拒了谭嗣同的要求。
袁世凯的拒绝，加上19日慈禧回宫，康有为等人以为事泄。20日凌晨康有为赶往天津，乘船前往上海（后逃亡香港）。实际上慈禧并不知情，不仅没做任何布置，而且当天就返回了颐和园。
20日袁世凯返回天津，不过他并未向荣禄透露，谭嗣同、康有为等人的密谋。9月21日一早慈禧命人抓捕康有为、康广仁兄弟，但并未抓捕梁启超、谭嗣同等人。上午慈禧回宫并召集重臣和光绪训政，当众斥责光绪维新是在瞎折腾（主要是说他裁撤六部）。
当天傍晚御史杨崇伊将此消息带到了天津，袁世凯赶忙向荣禄报告了康有为、谭嗣同等人蛊惑他兵变的事情。
22日杨崇伊从天津带回了袁世凯告密的消息，23日康广仁也招认了相关事实。慈禧遂认定光绪是要伙同他的小团队犯上忤逆，于24日下令逮捕杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等人（并于28日将六人斩首，史称“戊戌六君子”）。
同时慈禧不仅将光绪软禁于瀛台，而且把变法图强的意愿抛掷脑后，新法不分好坏，全部废除，所有革新也全部回归旧制。
据上述时间线，不少人认为慈禧虽然不满变法，但最初只是盯着康有为兄弟。是光绪太敏感和情绪化，得出了“朕位且不能保”。而他的这个结论又影响了康有为、谭嗣同等人，以至于他们背着光绪谋划“围园劫后”，最终又让光绪背了锅。
事实是否如此，这里不展开讨论了，大家各抒己见。
可以看出，皇朝的集权让“百日维新”被两个“核心”的情绪化所左右。皇帝“急”、“大刀阔斧”，并不顾虑是否稳健可行；太后是“怒”、“全部封杀”，完全无视了维新目的，秉持的就是“你支持我全反对”。
这两人极端化的操作不仅让满清这轮变革功亏一篑，也让“仇新复旧”成为皇朝主流和政治正确。冥冥之中天注定，两年后的庚子国变，将满清彻底拉入坟墓。
