清入主中原后，对东北、蒙古等地区的统治有别于内地各直省，其本质区别就是以军事为主，设将军、都统等为最高长官。乾隆朝统一新疆后，同样也采取这种制度进行管理，这就是文献中所说的“军府制”。

蒙古各部与清王朝关系密切，且各盟旗都有相对独立的军政组织，札萨克王公拥有一定的军权。为了有效防范控制蒙古王公，确保藩部的稳定，清廷在蒙古地区设立了将军、都统、大臣等地方最高长官，以监督、控驭各地盟旗，统一征调蒙古兵以镇戍地方。

那么，在蒙古、新疆地区，朝廷都设有哪些军政长官呢？

1、绥远城将军

绥远城始建于雍正末年，驻地在归化城东北五里，这里是通往漠北及漠西地区的必经之路。

乾隆二年移右卫将军驻绥远城，称绥远城将军，驻有副都统2人，八旗满蒙汉协领、佐领、防御、骁骑校47人，马甲兵丁3900余人。绥远城将军负责统辖驻防官兵及土默特二都统旗兵马，兼摄乌兰察布、伊克昭二盟军事。

2、定边左副将军

定边左副将军也称乌里雅苏台将军，初为对准噶尔用兵所设，驻地乌里雅苏台。至于为什么叫“左副将军”而不叫“将军”，御史查了很多资料，但始终没有得到答案。

定边左副将军的主要职责是整顿兵备，处理营务，统辖喀尔喀四部之兵。将军之下设有参赞大臣2人，驻防兵丁2400余名。城外还有驻班蒙古副将军一员，由喀尔喀四部副将军轮值。

定边左副将军，初期一直都是额驸策凌家族内出任，由征伐准噶尔统帅逐渐成为军政长官。其职责是统辖喀尔喀四部兵马，乾隆五十一年后，权限有所缩小，只统辖札萨克图汗、赛音诺颜汗二部及唐努乌梁海五总管旗军政事务。

3、伊犁将军

削平准噶尔之后，乾隆二十七年子啊新疆设立伊犁将军，驻惠远城，总统南北二疆，直辖若干城池，分驻满汉官兵。

伊犁将军之下设总兵1人，领队大臣5人，总管、副总管、协领、佐领、骁骑校、前锋校若干。所辖军队为满营官兵6000余人；察哈尔、额鲁特、锡伯、索伦达呼尔各营官兵5400余人；绿营官兵1000余人。

4、察哈尔都统

察哈尔都统始设于乾隆二十六年，驻张家口，亦称张家口都统，总理察哈尔八旗。另设副都统2人，于左右翼游牧边界驻扎。

察哈尔都统负责统辖张家口驻防官兵、游牧察哈尔八旗、察哈尔地区四大群牧兵马，兼摄锡林郭勒盟军务并管理阿尔泰军台。

5、热河都统

康熙末年，由于兴建避暑山庄以及开发皇家围场，热河区成为清廷直辖地区。作为京畿门户，雍正二年开始派官兵驻防，初设总管1人，副总管1人，辖佐领16人，骁骑校16人，马甲800名。

乾隆末年，热河总管改为副都统，驻承德，驻防马甲增至2000名。嘉庆十五年升副都统为都统，直至清末。热河都统辖昭乌达、卓索图二盟内的州县，兼理上述地区蒙汉交涉事件，军事上兼摄昭、卓二盟16旗军务。

6、呼伦贝尔副都统

呼伦贝尔地处北陲，地位重要。雍正二年初设呼伦贝尔统领，乾隆八年改为副都统衔总管。光绪八年始改呼伦贝尔副都统，受黑龙江将军节制，驻海拉尔。

呼伦比尔副都统统辖游牧在该地区的额鲁特、陈巴尔虎、新巴尔虎、索伦等旗五总管91佐领兵马。

7、库伦办事大臣

库伦办事大臣全称驻扎库伦办事大臣，满蒙各一人，蒙古大臣设于乾隆二十三年，满洲大臣设于乾隆二十六年，驻库伦。

大臣之下，设有理藩院派驻的司官2员，笔帖式2员，负责管理卡伦及会哨札萨克处理边务。乾隆五十一年，库伦办事大臣开始分掌喀尔喀军政，主要职责是负责对俄罗斯交涉；负责北部边防；统辖土谢图、车臣两部兵马；兼管喀尔喀喇嘛事务及盗案审理。

8、科布多参赞大臣

乾隆二十六年，置大臣二人，驻科布多，归定边左副将军节制。科布多参赞大臣管辖杜尔伯特左翼11旗，右翼3旗，辉特2旗，乌隆古土尔扈特2旗，哈弼察克新和硕特1旗，共19旗兵马，及阿尔泰乌梁海7旗、阿尔泰诺尔乌梁海2旗，扎哈沁、明阿特、额鲁特3旗，共12旗军政事务。

9、塔尔巴哈台参赞大臣

清廷于乾隆二十九年在原伊克明安部牧地雅尔设置塔尔巴哈台参赞大臣，后移驻楚呼楚。

该参赞大臣受伊犁将军节制，下设领队大臣、总管、副总管等。负责巡查东西路卡伦，官兵2000余，还统辖驻扎该地区的额鲁特，察哈尔8旗兵马.

10、青海办事大臣

雍正初年平定青海和硕特部叛乱后，于雍正三年设立办理青海蒙古事务大臣，简称青海办事大臣，驻西宁，所以也叫西宁办事大臣。

青海办事大臣辖一道、一府、二县，下设理藩院司官一人，军需司官、总兵、副总兵各一人，驻防兵5000余人。

青海办事大臣的主要职责是统辖蒙古和硕特部21旗、绰罗斯部2旗，土尔扈特部2旗，辉特1旗等共29旗兵马。

以上各处将军、都统、大臣等，就是清代在蒙古、新疆地区设立的最高军政长官，事实也证明，军府制确实比内地直省制，更适合这些地区的管理。