小伙伴们，大家好！在上期的内容中，我们为大家展示了转录组+代谢组联合分析中的PCA的比较分析和KEGG关联分析环节。今天，让我们来看看转录组+代谢组联合分析报告中的另一关键部分——相关性分析和多元统计模型吧～
一、 差异基因和差异代谢物的相关性分析
注：相关性分析要求生物学重复数量和样本来源一致！建议生物学重复 N≥6，样本数越多相关性越准确。
1. 相关性分析层次聚类热图
图1 差异基因与差异代谢物 Spearman 相关性分析层次聚类热图
注：层次聚类热图中每一行表示一个有KEGG ID的差异基因，每一列表示一种有KEGG ID的差异代谢物。左侧树杈表示对有KEGG ID差异基因进行聚类的结果，上侧树杈表示对有KEGG ID差异代谢物进行聚类分析的结果。聚类出现在同一个 cluster 的显著性差异代谢物或者差异的基因具有相似的表达模式。相关系数 r 以颜色来表示。r>0 表示正相关，以红色来表示，r<0 表示负相关，以蓝色来表示，颜色越深表示相关性越强。
二、转录组和代谢组的O2PLS分析
O2PLS(Two-way Orthogonal Partial Least Squares)考虑了两个数据集，并在联合、特定和残差部分中分解。首先将差异基因和差异代谢物进行log2处理和标准化。然后通过交叉验证选取最适组分数量进行O2PLS建模分析。最后获取建模之后的两个组学的载荷值，绝对值越大说明关联性越大。以散点图的形式进行展示。
通过O2PLS分析可以寻找出两个组学比较相关联的差异基因和差异代谢物，为之后的研究提供新的思路。1. O2PLS转录组载荷图
图2 O2PLS转录组载荷图
注：图形中横坐标表示第一关联分量，纵坐标表示第二关联分量。最外圈的表示关联性越强。对此颜色标注了两个分量绝对值之和的前50个基因。
2.O2PLS代谢组载荷图
图3 O2PLS代谢组载荷图
注：图形中横坐标表示第一关联分量，纵坐标表示第二关联分量。最外圈的表示关联性越强。对此颜色标注了两个分量绝对值之和的前50个基因。
3.两组学O2PLS前50载荷图
通过载荷图判断不同数据组中权重和稳定性都比较高的变量，表明这些变量的变化对另一组学的扰动更加剧烈。
图4 两组学O2PLS前50载荷图
注：图形中横坐标表示第一关联分量，纵坐标表示第二关联分量。最外圈的表示关联性越强。对此颜色标注了两个不同组学前50的数据，蓝绿色表示转录组学，粉色表示代谢组学。每个点到原点的距离意味着该变量对模型的贡献权重，距离越远，则代表该变量对模型的贡献权重越大；颜色表示变量贡献的稳定度，颜色越靠近两端，表示变量的贡献度越稳定。
