据清康熙年间《杭州府志》卷三十二《寺观》记载，永福寺坐落于飞来峰呼猿洞对面形胜山下，旧分上、下两寺，与下天竺等寺一样，同为慧理禅师开山创建。据载，东晋咸和元年，西印度高僧慧理来杭筑庵，接连兴建了灵鹫、灵隐等十座道场，永福寺也在其中，距今已有1600多年的历史。

南朝刘宋元嘉年间，慧琳禅师继慧理开山后筑庵于石笋峰下。后晋天福二年，吴越王钱元瑞于石笋峰下建晋圆院,又与山同名为资严寺。北宋大中祥符元年，敕改为永福寺。北宋熙宁年间，郡守祖无择在寺旁建庵，名邺公庵。南宋咸亨年间，隆国夫人据永福寺为香火院，并斥资扩建，逝后以寺超然台为葬，移寺于西，从此一寺分为两院。

东皋心越禅师祖籍浦江县，是永福寺历史上的一位传奇高僧。他俗姓蒋，明崇祯十二年（1639年）出生，八岁在苏州报恩寺出家，十三岁开始求师，周游江南各地，二十岁时在江苏天界寺参禅了曹洞宗寿昌派中兴之祖觉浪道盛。在参禅这一年时间里，心越刻苦钻研，学业精逃。觉浪圆寂后，心越再次游历四方。三十岁时心越返浙，按觉浪遗命，在杭州皋亭山显孝寺参禅觉浪法嗣阔堂大文。两年后，继承阔堂的衣钵，成为曹洞宗寿昌派的第35代传人。清康熙十年（1671年），受杭州永福寺住持的邀请，驻锡永福寺。觉浪、阔堂的金石书画，都有很高的艺术造诣，心越深得二人真传，因此驻锡永福寺六年，广会文人墨客，交流诗、书、画、印、琴技艺，艺僧之名广传天下。

清康熙十五年，日本长崎兴福寺第四代住持澄一道亮慕心越大名。邀请心越赴日担任兴福寺住持。心越遂东渡日本。心越先在兴福寺三年，后在大阪黄壁山万福寺五个月，回长崎闭关开关一年零一个月，寓居江户一年半，寓居水户约八年半，入住水户岱宗山天德寺四年四个月。日本元禄八年九月三十日，心越圆寂，客死他乡，享年五十七岁。心越死后，岱宗山天德寺改名寿昌山祗园寺，奉心越为开山祖师。少林山达摩寺于心越逝世两年后正式开堂，也奉心越为开山祖师。

心越是一位多才多艺的高僧，能书善画，工于篆刻，长于抚琴。他在日本19年，对日本的文化、艺术、佛教产生了深刻的影响。心越将所携《韵府古韵汇选》在日本翻刻推广，使中国篆刻艺术在日本广为传播，他被日本人奉为“篆刻之父”。据《日本音乐史》记载，心越携虞舜、素王、万壑松三古琴赴日，大传华夏琴道，300年来，古琴艺术在日本流传开来，使古琴融入日本人生活之中。因此心越又被誉为日本“近世琴学之祖”。心越在天德寺晋山开堂时，云集了全日本1700多位僧众，成为曹洞宗同门的中心，是日本佛教界300年来从未有过的盛事。因此心越被尊称为日本佛教曹洞宗寿昌派“开山鼻祖”。