导语

进化发育生物学（Evolutionary developmntal biology，简称evo-devo）是近几十年来最具吸引力的交叉学科之一，旨在阐明各种发育过程的起源和演化。组学数据的快速积累为回答许多有趣但尚未解决的进化问题提供了前所未有的机会。基因组学、转录组学以及单细胞技术加速了许多传统的非模式生物转变成新兴的模式生物（如栉水母、丝盘虫、玻璃海鞘等）。尽管近些年非经典模式动物类群已积累了海量的多组学资源，并仍以史无前例的规模快速增长，但对这些储存分散的组学资源进行整合和综合分析仍是目前国际上动物进化和发育研究领域共同面临的重大挑战，迫切需要系统建立面向整个动物界的进化发育综合组学数据库。

为实现这一目标，有研究团队收集整合了横跨整个动物界的传统模式生物和新兴模式生物大量的基因组、转录组、单细胞和空间转录组数据资源，建立了统一标准，对多物种海量数据进行了归类处理，打通了跨物种多组学数据比较分析瓶颈技术难题，构建了国际首个动物进化发育多组学综合数据库平台(EDomics, http://edomics.qnlm.ac)。

文献标题：EDomics: a comprehensive and comparative multi-omics database for animal evo-devo

发表期刊：Nucleic Acids Research

影响因子：14.9

发表时间：2023.01.06

数据库访问地址：http://edomics.qnlm.ac/#/home

01  数据库概览

EDomics数据库内容及功能

EDomics 数据库代表了迄今最全面和综合的发育进化多组学资源，囊括整个动物界主要类群的代表性物种，包括来自21个主要动物门类的40个高质量基因组和1010 个bulk转录组，以及68个单细胞转录组（涵盖来自12个广泛研究物种的429种细胞类型）。所包含的物种涵盖了主要的发育特性和进化节点，包括胚层的出现和分化、辐射对称和两侧对称的形成、原口动物到后口动物的过渡、水生到陆生以及无脊椎动物到脊椎动物的转变等。

EDomics 数据库不仅提供了高质量的多组学信息（包括基因组组装、基因组注释、基因家族聚类、线粒体基因组、各个发育阶段与成体组织/器官的基因表达谱和基因共表达网络），以及多维度的单细胞组学信息（如细胞聚类、标记基因、基因表达和空间信息等），同时也提供了强大的生物信息学工具。

通过这些工具可以探究和比较分析不同动物类群之间的进化信息（如基因家族扩张/收缩、核心和可变基因组、基因组宏观共线性和发育转录组相似性分析等）。此外，利用数据库提供的定制化工具可高效开展跨物种组学数据分析和细胞谱系追踪。

总之，EDomics为动物进化群体提供了一个全面的、比较的多组学平台，以破译整个生命之树的发育进化历史。

参考文献

Wei J, Liu P, Liu F, Jiang A, Qiao J, Pu Z, Wang B, Zhang J, Jia D, Li Y, Wang S, Dong B. EDomics: a comprehensive and comparative multi-omics database for animal evo-devo. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D913-D923. doi: 10.1093/nar/gkac944. PMID: 36318263; PMCID: PMC9825439.