1960年8月，干了几十年军事教育工作的王智涛，调去军科院，算是与军事生涯画上句号。尽管很想干军事指挥工作，可真要离开眷恋之情油然而生。

原本他将被转地方工作，叶帅出面将他要去军科院工作。军科院作为全军学术研究机构，聚集了一批资历老，职务高的将领，如粟裕、王树声、宋时轮、王新亭、彭绍辉、钟期光等，一把手由叶帅担任。是当时大军区级中，配置最高的单位。

对于到军科院，王智涛是高兴的，虽然没有去作战部队，但比起转业来说，太好不过了。

当时，上级对他说去军事科学院担任秘书长，可去报到时，被告知济南军区副司令阎揆要当秘书长。秘书长一职是兵团级职务，作为担任大军区副司令的阎揆要也算是降职使用。不过，从军科院配置来说，也没什么。毕竟当时叶帅担任院长兼政委，粟裕、王树声大将是副院长，宋时轮、王新亭、钟期光彭绍辉等上将副院长、副政委，作为中将担任正兵团职，在此时的军科院也算是正常。

王智涛过去在高级防空学校担任校长，也就是正军职，如果提拔到正兵团职，也算是提拔重用了。但上级出于其他方面考虑，随没有实现，但安慰他不要有情绪。

叶帅认为他有理论知识，而此时我军对新兵器的知识还是缺乏认识，搞现代化需要了解专业军兵种知识，准备建设军兵种场馆，一共12个，让全军各级干部和研究人员参观见学，而且还要成立教研馆，让他负责。他有些犯难。因为要与军兵种打交道，他怕在交涉方面关系理不顺，把工作搞砸，希望干一些科研工作。

对于他的为难，叶帅也表示，既然你觉得理顺关系难度大，就换别人。

当时，军科院有四个学术部，部长分别是彭绍辉、粟裕、宋时轮、钟期光，问他想去谁麾下。虽然没有在作战单位任职，但他对战术研究很有兴趣，希望能到新领域，最终被安排担任战术部担任副部长，给彭绍辉当副手。

战术部加上王智涛后，有三位副部长，其他两位比他早来几年，他参与讨论制定军、师、团、营战斗条令修改工作。彭绍辉抓总，三位副部长各自抓一部分。

1963年，他调任军科院副秘书长，1964年初因身体不适，而休养起来。此后十几年也再没工作。到1978年出任军科院顾问。