对于李自成来说，关中地区是他的根本重地。也正因为这一点，所以李自成在平阳作了一番部署后，将反攻的指挥权交给田见秀和刘宗敏，自己则离开前线，回到关中。
以前，每逢有重大战役李自成都在前线亲自指挥，他这次离开前线回到关中显然有更深远的考虑，即万一北边不守，则固守关中，以后还可以徐图发展。
当大顺军在北边与清兵周旋的时候，张献忠在西南地区得到较快的发展。由于李自成攻陷了北京，南边的明军大都人无固志，这为张献忠的发展提供了有利条件。
五月间，张献忠率领40万众溯江西上，六月攻占了西南的重镇重庆，俘获了明宗室瑞王朱常浩，将他和被俘的四川巡抚陈士奇、知府王行俭等一起杀掉。张献忠分兵四出，许多州县望风归降。
八月上旬，张献忠攻占省府成都，封藩于此的蜀王和新任巡抚皆自杀。张献忠这时很清楚，李自成受到清兵的压迫，这时的处境很困难。
但他并不对李自成进行支援，而是接着向川北发展，与在这里驻守的大顺军将领马科发生冲突，在绵州将马科击败。
马科不得已，只好退回汉中。由于这次冲突，大顺军和大西军就在川陕交界地区时有摩擦。这使李自成的处境更加困难。
如果张献忠不入川的话，李自成还可以从关中向四川撤退。现在就不可能了了，四川已为张献忠所有，且持敌视态度，李自成的这条后路就被堵死了。
李自成此后的军事举措都与此有重大关系。这也迫使李自成要尽最大的可能来保卫关中。
十月间，张献忠在成都建立了大西政权，以成都为西京，国号“大西”，年号“大顺”，他称西王，下属称他为老万岁。
大西政权设官建制，铸“大顺通宝”钱，并开科取士，大体就像李自成在西安建制时那样。
张献忠性情较为残暴，驭下甚严，他的一个高级官员因收受诸生十钱银子的礼即被处死，故其部下获得金银财物皆不敢私藏，都交府库。
他所发布诏敕文告皆用白话，不许部下沿用旧官场那种繁文缛礼。
在大西政权辖区内，凡朱姓宗室尽皆杀戮，官绅家产尽皆籍没，富商大贾都要捐资助饷。在这种情况下，南明弘光政权一面积极与清议和，一面全力进攻张献忠。
于是，在清兵入关后的就形成四支主要势力，矛盾错综复杂。
到下半年，南明政权主要对付张献忠，清廷则主要对付李自成。尤其是在怀庆战役后，原来准备进攻南明的一支清军也被吸引了过来，使清兵集中力量进攻大顺政权。
当此紧急时刻，李自成的性情也发生了微妙的变化。他看到，原来归附自己的大片区域迅速落入清廷之手，原来归降自己的许多官员这时纷纷背叛自己，投降清廷，因而对部下变得多疑起来，性情变得暴躁好杀。
他原来对宋企郊非常信任，故命他为吏政府尚书。有人向李自成密言，宋企郊用人有私，其亲朋和乡人多得美差。
李自成为此大怒，在往陕西撤退的路上将宋企郊“锁其颈”，像押解囚徒一样押往西安。到西安又将宋企郊释放，仍掌吏政府。
处置如此重要的官员显得如此儿戏，这使他的部下都感到惴惴不安。李自成曾问新任兵政府尚书张第元：“尔家在河北无恙否？”张第元在仓猝之间忘了避讳，回答道：“人皆以其为贼官，相屠害。”
李自成顿时大怒，认为这是在骂自己为“贼”，立命将张第元杀掉。一个兵政府尚书就因为这么一句话而丢了脑袋。刑政府尚书张始然担心拟刑不合李自成的心意，故极力迎合李自成。
有一次偶而有所匡救，李自成拿着他的章奏显得怒不可遏。
张始然十分害怕，夫妇二人竟一起上吊自杀。巩育是礼政府尚书，李自成命他“更定威仪服式”，因不合李自成的心意，“杖之几毙。”
一个礼部尚书竟差一点没有被当廷打死，这种情况在历史上是极为罕见的。户政府侍郎李天笃因事被论谪戍，李自成事后一想，认为处罚太轻，命“缢杀之，妻子财物皆赏军”。
级别低一些的官员更是常因小过而被处死，用刑似乎越重越合李自成的心意，“民有盗人一鸡者论死，惴惴莫敢犯法”。
这种情况在李自成进入北京以前很少看到。他似乎是想用严刑峻法来控制部下，以防止部下背叛。实际上这种做法适得其反，不少人因担心自己遭怀疑和惩治而千方百计地逃离。
其中，牛金星的逃离就是一个典型代表。
唐通的反叛对李自成的刺激很大。唐通在居唐关主动投降李自成以后，颇受李自成信任，曾受命赴山海关接替吴三桂的防务。
李自成在山海关战败后，他随之西撤，驻守河曲、保德沿河一带，以协助李过在那里防守。在清兵步步进逼的情况下，唐通又投降了清廷，突然向李过率领的大顺军发起进攻。
他还率军进入李自成的故里米脂一带，屠戮大顺军的家属，甚至还发掘了李自成的祖墓。唐通后来虽然被李过所逐走，但保德一带却落入清兵之手，严重扰乱了大顺军的防务，造成很大危害。
这个事件使李自成对一些降将更不放心。李自成于八月间回到西安，并在西安建成了“祖祢庙”，以奉祀其父祖。
八月二十一日是李自成的生日，李自成在这一天仿照古法，身穿山龙衮衣，入庙举行隆重的祭祀。这件事向部下表明，李自成在西安有长远打算，他将固守关中，将这里建成大顺政权的巩固根据地。
但是，他的这个计划不久就彻底落了空。
十月中旬，英亲王阿济格率大队清兵向陕西推进，准备由陕北南下，一举摧毁西安的大顺政权。吴三桂、尚可喜是这支清军的前锋，经宣府、大同等地进入陕北，沿途又征调了许多降兵，共约8万余人。
由于十月中旬发生了怀庆战役，豫亲王多铎率领的一支清军原准备进攻南明，这时改变了计划，增援怀庆，随后也向陕西杀来。降将孔有德、耿仲明是这支清军的前锋，直扑潼关。于是，西安的大顺政权就面临清兵的南北两路夹击，处于非常不利的境地。
